- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

La regle TailleMin fait planter les simus ?
by Loic GASCHE Dec. 10, 2013

Dec. 10, 2013

Bonjour, C'est probablement une boulette de ma part, mais j'ai lancé plusieurs simus très simples avec la règle TailleMin et ces simus plantent. J'ai essayé avec un TAC en poids avant, et avec la règle TACPoidsTailleMin, dans les deux cas ça plante, mais pas au même pas de temps. J'ai aussi essayé en ajoutant la matrice de discards dans les résultats et les exports, ça ne change rien. Une idée ? Loïc

3 7

bug sur caparmor
by Sigrid Lehuta Dec. 10, 2013

Dec. 10, 2013

voila l explication! -------- Message original -------- Sujet: caparmor down Date : Tue, 10 Dec 2013 09:31:29 +0100 De : Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation : IFREMER Pour : caparmor <caparmor(a)listes.ifremer.fr> Dear caparmor user, we have problem on caparmor, you can access to data from vbannec or machine in linux only for NFS part; but not on lustre. regards, Tina

1 0

bug simu sur caparmor
by Sigrid Lehuta Dec. 10, 2013

Dec. 10, 2013

hello mon plan sequentiel sur caparmor s'est arrété apres 6 simulations avec ce message. (relancé immediatement en local il tourne toujours 47 e simu) INFO [monitor-thread] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5(C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5) ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:428) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:675) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:627) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:480) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 4 more INFO [pool-3-thread-1] (CalibrationSPV2qMixChannel.java:375) afterSimulation - after simulation ERROR [pool-3-thread-1] (SimulationService.java:1073) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan simulationplans.CalibrationSPV2qMixChannel fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at simulationplans.CalibrationSPV2qMixChannel.afterSimulation(CalibrationSPV2qMixChannel.java:376) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJob.finished(SimulationService.java:1070) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:252) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_CalSolV2_q2_2013-12-09-15-55_5\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 6 more

1 0

Programme 5-6 decembre 2013
by Stephanie MAHEVAS Dec. 3, 2013

Dec. 3, 2013

Bonjour voici un programme provisoire des journées utilisateurs ISIS-Fish de décembre prochain. J'espère n'avoir oublié personne et mis les points essentiels à l'odj. Si vous souhaitez ajouter/modifier un point à l'ordre du jour, n'hésitez pas à m'en informer. Pour faciliter l'organisation (pause, repas and co), merci de vous inscrire en remplissant le formulaire *inscription 2013* sur http://www.isis-fish.org/news.html Merci de diffuser aux personnes intéressées que j'aurais pu oublier. Amitiés, Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

4 6

Map Failed de nouveau
by Loic GASCHE Nov. 29, 2013

Nov. 29, 2013

Bonjour, En faisant tourner des simus je me retrouve à nouveau avec des erreurs de type "map failed". Ici par exemple si je demande un an de simu tout marche bien, mais avec deux ans j'ai une erreur en décembre 1. J'ai mis le log de la simu en pièce jointe. Pourtant j'ai bien utilisé la version 4.2.1.2 de ISIS, donc il ne devrait plus y avoir de fuite mémoire... Loïc

1 0

Fwd: Re: HelpDesk Nv3 / n°=191007 : Re: Accès à plus de coeurs sur caparmor ?
by Loic GASCHE Nov. 21, 2013

Nov. 21, 2013

Je pense que ça peut être utile. Si j'ai bien compris on a le choix du nombre de coeurs utilisés par ISIS (jusqu'à 256) et on n'a donc pas besoin de faire une demande à chaque fois en fait ? -------- Message original -------- Sujet: Re: HelpDesk Nv3 / n°=191007 : Re: Accès à plus de coeurs sur caparmor ? Date : Wed, 20 Nov 2013 16:10:53 +0100 De : Denis Croizé-Fillon <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Pour : GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> Bonjour, En reprenant votre échange avec Tina, je vois que vous utilisez 8 coeurs actuellement. J'en déduis donc que vous utilisez la file d'attente parallel8, est-ce bien cela ? La réservation des coeurs pour les jobs est déterminée par les paramètres PBS de votre script mais également par la queue que vous utilisez pour le job. Voici les files parallèles accessibles par tous. Le nombre de coeurs max utilisable est indiqué dans le nom, la durée max (en heure) est indiquée en seconde colonne parallel256 18:00:00 parallel32 48:00:00 parallel64 24:00:00 parallel8 72:00:00 Des exemples de paramètrage pour PBS sont disponibles sous /export/home/services/exemples/PBS/ En particulier, vous avez la réservation des noeuds de calculs (select) la réservation des coeurs (ncpus), la réservation mémoire (lmem) et l'indication de la file d'attente du gestionnaire (parallel*) Si vous avez des questions ou si votre logiciel nécessite des conditions particulières (je ne connais pas le produit), n'hésitez pas à nous en faire part. Vous pouvez également commencer par un test sur 16 coeurs (2 noeuds) avant de passer à 256 coeurs car le temps d'attente après envoi du job est plus long. Bonne fin d'après-midi, Denis > > Bonjour, > > J'aurais besoin de pouvoir accéder à la queue permettant d'utiliser 256 > coeurs avec ISIS-Fish sur caparmor, serait-il possible d'obtenir > l'autorisation d'y accéder ? > > Cordialement. > > Loïc Gasche > > Le 19/11/2013 15:44, Tina Odaka a écrit : >> Hi, >> That's not how it work, >> Isis -fish had a special que to have access to 256 sequential job at a time I there is a place >> >> Can you plz send answer all to this e-mail and denis, and to assistance@ ifremer.fr >> and ask to authorize that you >> use this queu >> >> >> You have to ask code Lutin or your colleague how to modify your default que on Isis-fish to be used under your configuration , we do not know that >> >> Regards, Tina >> >> 19 nov. 2013 06:39?Loic GASCHE<Loic.Gasche(a)ifremer.fr> ??????: >> >>> Hi Tina, >>> >>> Yes I use Isis-Fish. >>> >>> We are running a bit late on our schedule so I am not really sure I can wait untill next week. But I think someone I work with (Sigrid) had access to a lot of cores and does not use them at the moment so maybe we can use her account to run our simulations (if she still has access to all these cores). >>> >>> Le 19/11/2013 14:34, Tina Odaka a écrit : >>>> >>>> Hi, >>>> I am out at US this week, can you wait untill next week? >>>> >>>> You use Isis-fish? >>>> If not >>>> Plz let me know how you run your job for the moment, by >>>> Sending the location ( path) >>>> And name of your script at caparmor >>>> To >>>> Assistance(a)ifremer.fr >>>> With cc to my e-mail address >>>> >>>> Thanks, Tina >>>> >>>> >>>> 19 nov. 2013 01:02?Loic GASCHE<Loic.Gasche(a)ifremer.fr> ??????: >>>> >>>>> Bonjour Tina, >>>>> >>>>> Je vais bientôt avoir besoin de faire tourner un grand nombre de simulations assez lourdes sur caparmor. >>>>> >>>>> Je n'ai pour l'instant accès qu'à très peu de coeurs (8 je crois), ce qui sera largement insuffisant pour ce que j'ai à faire. >>>>> >>>>> On m'a dit qu'il était possible d'avoir accès au maximum à 256 coeurs. Est-ce vrai ? Est-il possible que j'aie accès à ce nombre de coeurs pour faire tourner mes simulations ? >>>>> >>>>> Loïc > >

2 3

Fwd: Re: Accès à plus de coeurs sur caparmor ?
by Loic GASCHE Nov. 19, 2013

Nov. 19, 2013

Bonjour, J'ai demandé à Tina s'il était possible que j'aie accès à plus de coeurs sur caparmor, je ne suis pas certain d'avoir compris sa réponse... Si j'ai bien pigé : il faut demander à assisance@ifrmer et Denis pour avoir plus de coeurs ? Et il faut que je demande aux lutins comment modifier la "queue" (?) par défaut pour pouvoir utiliser celle avec 256 coeurs sur caparmor ? Loïc -------- Message original -------- Sujet: Re: Accès à plus de coeurs sur caparmor ? Date : Tue, 19 Nov 2013 07:44:07 -0700 De : Tina Odaka <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Pour : Loic GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> Copie à : Denis Croizé-Fillon <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Hi, That's not how it work, Isis -fish had a special que to have access to 256 sequential job at a time I there is a place Can you plz send answer all to this e-mail and denis, and to assistance@ ifremer.fr and ask to authorize that you use this queu You have to ask code Lutin or your colleague how to modify your default que on Isis-fish to be used under your configuration , we do not know that Regards, Tina 19 nov. 2013 06:39、Loic GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> のメッセージ: > Hi Tina, > > Yes I use Isis-Fish. > > We are running a bit late on our schedule so I am not really sure I can wait untill next week. But I think someone I work with (Sigrid) had access to a lot of cores and does not use them at the moment so maybe we can use her account to run our simulations (if she still has access to all these cores). > > Le 19/11/2013 14:34, Tina Odaka a écrit : >> >> Hi, >> I am out at US this week, can you wait untill next week? >> >> You use Isis-fish? >> If not >> Plz let me know how you run your job for the moment, by >> Sending the location ( path) >> And name of your script at caparmor >> To >> Assistance(a)ifremer.fr >> With cc to my e-mail address >> >> Thanks, Tina >> >> >> 19 nov. 2013 01:02、Loic GASCHE<Loic.Gasche(a)ifremer.fr> のメッセージ: >> >>> Bonjour Tina, >>> >>> Je vais bientôt avoir besoin de faire tourner un grand nombre de simulations assez lourdes sur caparmor. >>> >>> Je n'ai pour l'instant accès qu'à très peu de coeurs (8 je crois), ce qui sera largement insuffisant pour ce que j'ai à faire. >>> >>> On m'a dit qu'il était possible d'avoir accès au maximum à 256 coeurs. Est-ce vrai ? Est-il possible que j'aie accès à ce nombre de coeurs pour faire tourner mes simulations ? >>> >>> Loïc

1 0

impossible de lancer des simus
by Loic GASCHE Nov. 15, 2013

Nov. 15, 2013

Bonjour, Je n'arrive pas à lancer de simus ce matin, que ce soit de nouvelles simus ou des simus qui tournaient hier... J'ai eu plusieurs messages d'erreur différents. A priori soit il n'arrive pas à charger une simu, soit il n'arrive pas à charger un export... qui n'existe plus car je n'en ai plus besoin et dont je ne dis nulle part qu'il faut aller le chercher car les seules sorties que je demande sont une abondance et une biomasse. A la fin du débug il dit aussi qu'il y a des soucis avec la VM, je ne sais pas trop si c'est important ou pas. Est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur ce qui pose vraiment problème à ISIS ? Comment résoudre ce problème ?

2 2

***UNCHECKED*** Temps de simu ?
by Loic GASCHE Nov. 14, 2013

Nov. 14, 2013

Bonjour, En lien avec mon mail d'avant : on a donc défini une population très simple qui doit représenter du benthos sur notre zone d'étude. Un point un peu particulier est que cette pop a 200 zones pop (200 cellules de notre zone d'étude). Le point positif est que les simus tournent. Le point noir est que le temps de simulation de certaines est très élevé... tellement élevé en fait qu'on a l'impression que la simu s'est purement et simplement arrêtée en cours de route. Est-ce que cela peut venir de la taille des exports générés ? Par exemple pour la simu qui semble ne plus avancer le fichier results.mapped fait 320Mo. Est-il possible que le nombre de zones à gérer soit juste trop élevé, surtout quand il faut faire les intersections avec toutes les zones de pêche ? Ou le problème vient-il d'autre part ? En pièce jointe je mets les logs de trois simulations test que nous avons faites : - celle de 23h49 est celle qui ne s'est jamais terminée, ou je testais toutes les stratégies, ma pop de benthos et toutes les pops de poisson. - Celle de 9h24 a tourné vite, on n'y a testé aucune stratégie de pêche et uniquement la population de benthos. - Celle de 9h26 a tourné plus lentement, on y teste uniquement la population de benthos et les flottilles "drague" et "extraction" qui l'impactent. Peut-on trouver des solutions pour réduire les temps de simulation pour les simus où on veut tester toutes les flottilles et toutes les pops ? Loïc PS : après notre échange de mails de ce matin j'ai relancé une simu "complète" après avoir mis des return 0; dans les champs vides. Elle est est à Septembre 3 (sur 5 ans) après 4h de simu...

2 1

Champs vides dans les traits de vie ?
by Loic GASCHE Nov. 14, 2013

Nov. 14, 2013

Bonjour, Une question peut-être plus destinée aux lutins : Que se passe-t-il quand on laisse les champs de l'onglet "traits de vie" vides quand on définit un population ? En effet nous avons voulu définir une population aussi simple que possible (un age, des zones, un recrutement), donc j'ai laissé un grand nombre de champs vides. A priori ça tourne, malgré pleins de WARN dans les logs de la simulation, mais on se demande si ça pourrait poser des problèmes auxquels on n'a pas pensé ? A priori la mortalité naturelle est fixée à 0 quand on laisse le champ vide (on le voit dans l'onglet groupes). Pour la maturité et le taux de reproduction on se dit que ça devrait être OK si on ne les appelle pas pour calculer le recrutement. Pour le poids moyen on se dit que ça devrait être aussi OK car ISIS travaille en abondance, mais il y a peut-être des calculs auxquels on n'a pas pensé qui ont besoin de biomasse. Loïc

2 1