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file not found exception
by sigridlehuta＠gmail.com Sept. 3, 2013

Sept. 3, 2013

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by Sigrid Lehuta Sept. 3, 2013

Sept. 3, 2013

Hello, ca fait 2 fois que j'ai cette erreur qui stoppe le déroulement de mon plan d'experiences dependant. Cette fois il tournait sur caparmor (je ne sais plus pour la derniere fois). A quoi est ce du? est ce que ca peut etre une rupture de communication entre mon PC et caparmor? comment l'eviter? Merci INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13(C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13) INFO [pool-3-thread-1] (CalibrationPLE_2qMixChannel.java:374) afterSimulation - after simulation ERROR [pool-3-thread-1] (SimulationService.java:1073) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel.afterSimulation(CalibrationPLE_2qMixChannel.java:375) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJob.finished(SimulationService.java:1070) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:252) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 6 more INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:591) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:428) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:675) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:627) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:480) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 4 more

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report de bug
by Sigrid LEHUTA Aug. 22, 2013

Aug. 22, 2013

desolee je ne retrouve plus comment on fait un report de bug sur le site (je n accède qu a la liste des demandes...) Le bug concerne l interface de lancement de simulation, J'ai des bases issues les unes des autres avec des especes semblables (mais pas les memes valeurs de param ou zones). Si apres lancement d une simu avec une de ces bases, je veux en lancer une autre avec une autre base, l interface ne se met pas a jour avec les paramètres de la nouvelle base elle conserve ceux de l ancienne... je dois ermer isis et le r'ouvrir pour avoir une interface vierge qui affiche les bons parametres quand je charge la nouvelle base. est ce corrigeable? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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simulation tres lentes
by Sigrid Lehuta Aug. 20, 2013

Aug. 20, 2013

Hello je fais tourné isis (meme region meme plan d experience) sur 2 ordis recents equivalent (core i7,64 bits,8GoRAM) et l un est bcp plus lent que l'autre, mais "lent inquietant" genre 6 mois = 5min tandis que l'autre met 1 min /simu. Auriez vous des pistes sur ce que je dois regarder qui pose possiblement probleme? Merci

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combiner des DBs?
by Sigrid Lehuta Aug. 12, 2013

Aug. 12, 2013

Bonjour tout le monde, je me demandais s'il était possible de "combiner" des bases de données (régions) existantes par exemple en modifiant le fichier data.h2.db. par exemple: Loic et moi travaillons sur la meme region geographique. je veux que Loïc reccupère tous mes engins, métiers, stratégies et zones pêche avec les paramètres correspondants sans qu'il ait a tout entrer a la main dans l'interface, puis-je recopier une partie de mon fichier data.h2.db dans le sien? N'hesitez pas a demander si ca n'est pas clair. Merci d'avance. Sigrid

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out of memory error
by Sigrid Lehuta Aug. 12, 2013

Aug. 12, 2013

Bonjour, j ai un probleme de memoire quand je fais tourner les simus d un plan dependant. C'est tres lent d une part, et le plan s arrete a la 5eme simulation avec cette erreur (cf log joint.): ERROR|16:28:12,977|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.RuntimeException: Can't create vector at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:242) at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.<init>(BasicMatrix.java:80) at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.<init>(MatrixNDImpl.java:97) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.create(MatrixFactory.java:208) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.copy(AbstractMatrixND.java:166) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerCell$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:641) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 30 more INFO|16:28:13,008|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 5361.316 Voyez vous un pb specifique a ma base? peut on regler ce soucis de memoire? Merci

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acces a la zone dans l equation de croissance
by Sigrid Lehuta July 9, 2013

July 9, 2013

Hola les isisiens, on avait discuté d acceder au mois courant dans l equation de repro. Eric proposait context.getSimulationControl().getStep() en precisant que ca n'est pas propre. Qu'en est il de reccuperer la zone courante (pour que l equation de croissance depende de la zone). Peut on la reccuperer? Si non j'envisage de passer par les "variables". Y a t il une doc sur leur utilisation? pouvez vous m envoyer des explications? Merci d avance. Sigrid

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2013

June 30, 2013

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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upload des résultats d'AS avec la base sur le site ISIS ?
by Loic GASCHE June 17, 2013

June 17, 2013

Bonjour, Sur le site ISIS on peut mettre à disposition les bases utilisées pour faire les simus. Est-il aussi possible de donner accès au RData obtenu après avoir fait tourner les AS (demande de journal dans mon cas, mais peut être intéressant si des personnes s'intéressent à nos résultats mais n'ont pas le temps ou les moyens de refaire tourner les simus) ? La grosse différence est que la base ne fait que quelques ko dans mon cas alors que le RData fait environ 320 Mo, est-ce que cela peut poser problème ? Loïc

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Re: [Isis-fish-users] bug dans une regele: object list null pointer: RESOLU
by Sigrid Lehuta June 13, 2013

June 13, 2013

Merci Jean!!!!!! je suis vraiment rouillée en JAva moi! A bientôt pour plus de bugs! Merci d'avance! Le 13 juin 2013 12:45, Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... > Pourriez vous me dire quoi? > Merci! > > voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> > metNameList... > strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); > for(Strategy str : allStrategies){ > String[] vecNames = metStr.get(str); > List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(** > vecNames)); > matEffort = MatrixFactory.getInstance().**create( > "matEffort", > new List[]{metNameList,dates}, > new String[]{"Metiers","Date"}); > strMat.put(str,matEffort); > } > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Post-doctoral research associate > Laboratoire Ressources Halieutiques > IFREMER Boulogne sur Mer > 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France > Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) > Fax : 03 21 99 56 01 > > > Membre de l'Association Française d'Halieutique > http://sirs.agrocampus-ouest.**fr/AFH/index.php/en<http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en> > > "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. > Saltelli. > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > >

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