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pb AS caparmor ?
by Loic GASCHE Jan. 14, 2013

Jan. 14, 2013

Bonjour, J'ai lancé une AS sur caparmor vendredi, et aucun résultat n'a été téléchargé sur mon ordinateur. Comme celui-ci à de plus planté pendant le weekend et que j'ai du tout redémarrer difficile de savoir ce qui n'a pas marché. Ce que je peux dire est que toutes les simus avaient selon ISIS été uploadées sur caparmor et étaient en attente de téléchargement mais rien ne s'est passé. Le problème est que je n'arrive même pas à savoir si les simus ont tourné ou non sur caparmor, afin que je puisse tenter de les récupérer manuellement, ou si je dois tout relancer. On dirait que dans mon dossier lgasche sur caparmor j'ai un mélange des dernières AS que j'ai voulu faire tourner et de vieilles AS qui n'ont pas été supprimées. Dans lgasche\isis-tmp je retrouve des fichiers .bsh et .txt de mes simus et quand j'ouvre un .txt voilà ce que j'ai : service7>28% cat simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46_9999-outpu t.txt INFO [main] (IsisFish.java:125) main - Starting Isis-Fish 4.2.1.0 with args : [ --option, launch.ui, false, --option, perform.vcsupdate, false, --option, perfor m.migration, false, --option, perform.cron, false, --simulateRemotellyWithPreScr ipt, as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46_9999, /home1/caparmor/lgasche/isi s-tmp/simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46-preparation.zip, /hom e1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-4 6_9999-result.zip, /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_HCR_complete_1 0ans_AS_2013-01-11-18-46_9999-prescript.bsh] INFO [main] (IsisFish.java:126) main - Date: 11/01/13 20:53 INFO [main] (IsisFish.java:127) main - Java version: 1.7.0_10-b18, Java HotSpot (TM) 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:128) main - System arch: amd64 INFO [main] (IsisFish.java:129) main - R_HOME: /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R, R.type: jni INFO [main] (IsisFish.java:130) main - PATH: /appli/intel/itac/8.0.0.011/bin:/a ppli/intel/impi/4.0.0.028/bin64:/appli/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64:/bin: /usr/bin:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games:/opt/c3/bin:/usr/ lib/mit/bin:/usr/lib/mit/sbin:/opt/gnome/bin:.:/opt/sgi/sbin:/opt/sgi/bin:/sbin: /bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/export/home/servic es/bin:.:/home1/caparmor/lgasche:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbin:/sbin:/bin:/usr/sbin :/usr/bin:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/export/home/services/bin:.:/home 1/caparmor/lgasche:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbin INFO [main] (IsisFish.java:131) main - java.library.path: jri64 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at sun.font.FontConfigManager.getFontConfigFont(FontConfigManager.java:3 52) at sun.awt.X11FontManager.getFontConfigFUIR(X11FontManager.java:817) at sun.font.FontUtilities.getFontConfigFUIR(FontUtilities.java:488) at javax.swing.plaf.nimbus.NimbusDefaults.<init>(NimbusDefaults.java:138 ) at javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel.<init>(NimbusLookAndFeel.ja va:100) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstruct orAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingC onstructorAccessorImpl.java:45) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:525) at java.lang.Class.newInstance0(Class.java:372) at java.lang.Class.newInstance(Class.java:325) at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:580) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initLookAndFeel(IsisFish.java:197) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) On dirait qu'il y a un problème mais je ne sais pas si ça peut avoir bloqué les simus ou non... Vu la petite taille de isis-tmp je dirais que les simus n'ont pas tourné, mais si quelqu'un pouvait confirmer et avait une idée de la cause je suis preneur... Loïc

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Calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax
by Loic GASCHE Jan. 11, 2013

Jan. 11, 2013

Bonjour, Juste un petit rappel au cas où des personnes utiliseraient le calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax : Pour faire ce calcul on utilise la méthode : getSubMatrix(int dim, int start, int nb) avec int start = GroupMin et int nb = GroupMax - GroupMin + 1. Le problème est qu'à priori int start ne fait pas partie des valeurs sélectionnées, et que la sous-matrice extraite ne commence donc qu'à int start +1. Donc si vous voulez calculer un Fbar sur les groupes 3 à 6 vous devez en fait entrer GroupMin = 2 (sera exclu) et GroupMax = 5, comme ça votre calcul sera bien fait sur 4 valeurs à partir du groupe 3 inclus. Peut-être aurait-il mieux fallu raisonner en GroupMin et NbreDeGroupes pour ISIS, ça aurait permis de contourner le fait que getSubMatrix() ne prend pas en compte la première valeur... Loïc

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Simulations caparmor qui s'arrêtent à Janvier 0 ?
by Loic GASCHE Jan. 10, 2013

Jan. 10, 2013

Bonjour les lutins, J'ai lancé une AS sur caparmor hier, et je me rends compte que toutes mes simus on arrêté de tourner en Janvier 0 (alors que j'ai demandé 10 ans de simus). Il ne semble pas y avoir de messages d'erreur dans le debug d'ISIS, ni dans les logs de simulation et je ne vois pas trop ce qui cause cet arrêt à Janvier 0. Est-ce que ça peut venir du fait que je me suis planté dans l'installation d'ISIS à utiliser sur caparmor ? J'ai encore /home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.1.1.0 alors que je suis sur la 4.2.1.0, je n'avais pas fait attention. Sinon, est-ce qu'il y a java 7 sur caparmor ? Loïc

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java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space ?
by Loic GASCHE Jan. 9, 2013

Jan. 9, 2013

Salut les lutins, Je crois que j'ai un nouveau message d'erreur à rajouter à ma collec' : ERROR|12:05:08,758|InProcessSimulatorLauncher.java|431|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space at java.lang.String.intern(Native Method) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.survivalRatePerZone(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixAbundance$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:1331) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixAbundance(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:459) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|12:05:08,773|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 126.047 Qu'est-ce que ça veut dire ? Ca marchait très bien, puis j'ai rajouté mon modèle de gravité... Je ne sais pas s'il y a un lien... Loïc

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Conditionner le nom d'un setValue(...) à un choix de population ?
by Loic GASCHE Jan. 9, 2013

Jan. 9, 2013

Bonjour, Une question : est-il possible de faire en sorte que le nom donné à une variable dans un setValue() soit dynamique en fonction des paramètres choisis et pas fixe ? Par exemple dans mon cas serait-il possible d'avoir quelque chose du genre : context.setValue("TAC_"param_population"_HCR", TacReel) au lieu d'avoir juste context.setValue("TAC_HCR", TacReel) ? Loïc

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Echange de valeurs entre scripts (encore) ?
by Loic GASCHE Jan. 7, 2013

Jan. 7, 2013

Bonjour les lutins (et les autres) et bonne année ! J'ai toujours un soucis pour faire utiliser une valeur venant d'une règle dans une autre règle. Ici ce que je veux faire est : - Avoir un TAC choisi à l'avance pour 2008,2009 et 2010 (grâce à la règle TACpoidsPop20082011) - Pour les années suivantes avoir une règle permettant de calculer le TAC en fonction des objectifs de gestion fixés (HCR_transition_MSY), cette valeur calculée étant appliquée par TACpoidsPop_pourHCR. Le soucis est que pour mon HCR j'ai besoin de récupérer la valeur du TAC que l'on avait choisie pour 2010, et qu'à priori ça ne marche pas (TAC=0 dans les logs). J'ai essayé pas mal de choses (changer le setValue et le getValue de place,...) mais je ne vois toujours pas d'où vient le problème. Une idée ? PS : s'il y a d'autres éléments faux n'hésitez pas :) !

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pas d'export des resultats...
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr Jan. 7, 2013

Jan. 7, 2013

bonsoir malgre le changement dans le .bat (900M), je n'ai pas d'exports... Voici mon debug Merci Stephanie

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CR rencontres annuelles ISIS-Fish 2012
by Stephanie MAHEVAS Jan. 7, 2013

Jan. 7, 2013

Chers ISIS-Fishiens, je vous souhaite à tous une excellente année 2013! En prévision d'une année riche de beaux projets et développements autour d'ISIS-Fish, je vous annonce que les prochaines Rencontres Annuelles ISIS-Fish auront lieu à Nantes les 5 et 6 Décembre 2013. Merci de bloquer ces dates dès à présent! Je vous joins le Compte-rendu de nos discussions et le relevé de conclusions des dernières rencontres. Bonne lecture et à bientôt Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2012

Dec. 31, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Mise à jour de la version de Java utilisée par ISIS-Fish (7)
by Eric Chatellier Dec. 21, 2012

Dec. 21, 2012

Bonjour, Le support du JDK 6 s'arrêtera en février 2013, les mises à jour ne seront plus assurées [1]. Nous encourageons donc les utilisateurs d'ISIS-Fish à anticiper l'arrêt de ce support et à passer à la version 7 [2]. Une prochaine mise à jour d'ISIS-Fish (probablement 4.3.x.x) imposera au minimum une version 7 pour continuer à fonctionner. Cordialement, Eric Chatellier. [1] : https://blogs.oracle.com/henrik/entry/java_6_eol_h_h [2] : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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