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Temps de simulation et choix des résultats
by Bastien Preuss Aug. 16, 2011

Aug. 16, 2011

Bonjour, Je réalise quelques tests de simulation pour estimer mes temps de calculs et je me rends compte que les temps de calculs et la mémoire utilisée dépendent du choix des résultats sélectionnés. Par exemple avec lune de mes espèces, si je fais une simulation sur 10 ans avec comme choix de résultats « matrixAbundance » et « matrixLandingPerMet », jai un temps de simulation de 30 minutes, alors que si je réalise la même simu en demandant 6 résultats jai un temps de simu de 50 min ! 2ème exemple avec une autre de mes espèces, ma simu sur 10 ans avec 2 résultats demandés, tourne en 29 min, alors que si je demande 6 résultats, elle plante au bout de 3 ans avec le message « out of memory, try with more memory (option -mx)». Jai donc changé la valeur de mémoire allouée dans le fichier .bat de démarrage, en passant de 1024 Mo à 3072 Mo, mais cela na aucune influence sur les temps de calculs ou le fait de planter sur « out of memory ». (mon PC à 4Go de RAM). Il semble donc 1) que les résultats de sortie du modèle soient sauvés sur la mémoire vive ce qui influe sur les performances de la machine, mais 2) que bizarrement le fait de modifier la quantité de mémoire allouée na pas dinfluence. Si cest bien le cas, ny aurait-il pas un moyen de sauver en dur les sorties du modèle pour ne pas saturer la mémoire vive ? Ou une autres astuce ? Javais pensé contourner le problème en nutilisant que les exports, mais il ny a pas tous les résultats du modèle dans les exports. Si vous avez des idées ou des suggestions, ça pourrait être bien utile ! Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Pb avec Simulateur EffortByCell
by Bastien Preuss Aug. 8, 2011

Aug. 8, 2011

Du coup, Est-il tout de m^me sensé fonctionner? Car j'avais par le passé déjà réussi à faire tourner des simu avec? Bon à priori, je ne vais pas prendre le risque de l'utiliser si on est pas trop sure de ce que ça fait! Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : lundi 8 août 2011 18:50 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb avec Simulateur EffortByCell Le 02/08/2011 04:51, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > Bonjour, > Jessaie dutiliser le simulateur EffortByCell, mais la simu plante dès le > début, et je nai pas trouvé la raison dans le Debug. > > Quelquun saurait-il ce qui peut causer ce problème ? Je mets le debug en > pièce jointe. > En fait, ce simulateur n'a jamais totalement fonctionné car il étend DefautSimulator, mais si on fait une simulation avec EffortByCell le simulateur DefautSimulator n'est pas inclut dans la simulation d'où l'erreur. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Pb avec Simulateur EffortByCell
by Bastien Preuss Aug. 8, 2011

Aug. 8, 2011

Bonjour, Jessaie dutiliser le simulateur EffortByCell, mais la simu plante dès le début, et je nai pas trouvé la raison dans le Debug. Quelquun saurait-il ce qui peut causer ce problème ? Je mets le debug en pièce jointe. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Coefficients de migration négatifs
by Bastien Preuss July 29, 2011

July 29, 2011

Merci Sigrid, en effet ça semble bien être ce problème d'arrondi encore une fois! Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : vendredi 29 juillet 2011 00:53 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Coefficients de migration négatifs hello Bastien, apparement ca concerne le groupe 0 donc ca limite les recherches. ensuite si tous tes coeffs affiches sont positifs, je suppose que le coeff negatif correspond a 1-sum(coeffs de migration) c est a dire que c est le % de poissons qui restent dans la zone de depart (et que isis calcule en off). encore une fois si tes coeffs de migration depuis une zone donnee somment a 1 c est sans doute un pb d arrondit. tu peux verifier en diminuant un des coeffs temporairement par exemple tu mets 19 au lieu de 20. tes coeffs sommeront a 0.99 et tu verifieras que tu n as plus de message d erreur. si le pb persiste c est que ca vient pas des arondits... et la mystere et boule de gomme! bonne chance Sigrid Quoting bastien preuss <bastien.preuss(a)ird.fr>: > Bonjour, > > Pour l'une de mes populations, lorsque je fais une simu, je vois > dans le debug plusieurs fois la ligne suivante: > > INFO [Thread-47] (SubProcessSimulationLauncher.java:273) run - dans > un sous processus> INFO [SimThread > sim_Test_Dawa_migration_grp0_2011-07-27-17-03] > (PopulationSeasonInfoImpl.java:528) getMigrationMatrix - Erreur dans > la migration, un coef est negatif > > Mes coeff de migration étant définis dans un script, j'ai essayé de > voir d'où cela provenait en afficahant mes valeurs avec un > log.info(), mais je ne vois que des valeurs positives... > J'ai aussi vérifié ma région, et je n'ai pas d'erreur ormis des > infos pour immigration et émigration vide. > > Y a-t-il un moyen de trouver d'où proviennent ces coefficients négatifs? > > Merci. > > Bastien > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Coefficients de migration négatifs
by bastien preuss July 28, 2011

July 28, 2011

Bonjour, Pour l'une de mes populations, lorsque je fais une simu, je vois dans le debug plusieurs fois la ligne suivante: INFO [Thread-47] (SubProcessSimulationLauncher.java:273) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_Test_Dawa_migration_grp0_2011-07-27-17-03] (PopulationSeasonInfoImpl.java:528) getMigrationMatrix - Erreur dans la migration, un coef est negatif Mes coeff de migration étant définis dans un script, j'ai essayé de voir d'où cela provenait en afficahant mes valeurs avec un log.info(), mais je ne vois que des valeurs positives... J'ai aussi vérifié ma région, et je n'ai pas d'erreur ormis des infos pour immigration et émigration vide. Y a-t-il un moyen de trouver d'où proviennent ces coefficients négatifs? Merci. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss July 26, 2011

July 26, 2011

Hello, Effectivement après plusieurs simu même avec des effectifs très grands les valeurs négatives que j'obtiens restent négligeables. Ça doit être la même erreur que toi, car j'ai revérifié 10 fois, et j'ai bien une somme de coefficients égale à 1, un nombre d'individus égal avant et après la migration, et pas de message dans la vérif de pêcherie. Du coup, y a-t-il un moyen de vérifier que cette erreur avait bien été corrigée? A bientôt Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mardi 26 juillet 2011 03:06 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration Hola, la seule fois ou j ai vu ca cela concernait de tres petit nombres negatifs (de l'ordre de 10^-6) c'etait causes par des conversion float-double des trucs comme ca mais je crois que ca avait ete repare. Es tu sur que tes coef somment a 1. as tu verifier que tu as autant de recruits avant et apres migration. as tu une alerte sur les migrations quand tu fais "Verifier la pecherie"? si ca persiste envois ta base. Sigrid Quoting Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr>: > Bonjour, > > > > Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : > > Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la > reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se > répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la > somme fait 1. > > Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif > dindividus dans ma zone de recrutement > > De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif > négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma > population. > > > > Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss July 25, 2011

July 25, 2011

Bonjour, Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la somme fait 1. Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif dindividus dans ma zone de recrutement De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma population. Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss July 25, 2011

July 25, 2011

Non, émigration et immigration valent 0 De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Dominique PELLETIER Envoyé : lundi 25 juillet 2011 15:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration tu n'as pas d'émigration irrégulière ? Bastien Preuss a écrit : Bonjour, Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la somme fait 1. Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif dindividus dans ma zone de recrutement De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma population. Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité _____ _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Dominique PELLETIER Cadre de recherche Biodiversité Coordinatrice du projet PAMPA Senior scientist Head of PAMPA project <http://wwz.ifremer.fr/pampa/> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex Nouvelle-Calédonie Tél. (687) 292557 / 285171 Fax. (687) 287857

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Plan d'analyse Selectivité
by camille de la Vega July 8, 2011

July 8, 2011

Bonjour, Je voudrais faire un plan d'analyse pour faire plusieurs simulations à la suite avec chacune une sélectivité différente pour les engins "chalut". J'ai 7 sélectivités à tester. Je vous envoie mon script qui ne compile pas. Merci !! Camille

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Re: [Isis-fish-users] Utilisation des surfaces
by Bastien Preuss July 8, 2011

July 8, 2011

OK, merci Eric. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : vendredi 8 juillet 2011 19:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Utilisation des surfaces Le 08/07/2011 10:28, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Dans mon modèle jutilise la surface des zones pour décrire les coefficients > de migration entre mes zones. Je calcule un paramètre c tel que : > > c = surfaceZoneArrivée / (surfaceZoneDépart + surfaceZoneArrivée) > > Dans léquation cela donne : > > c = arrivalZone.getCell().size() / (departureZone.getCell().size() + > arrivalZone.getCell().size()) ; > > Mais je me suis rendu compte que c valait 0 bien que mes surfaces soient > égales à 324 et 56. > > Jai essayé de faire : > > szd = departureZone.getCell().size(); > > sza = arrivalZone.getCell().size(); > > c = sza / (szd + sza); > > Et ça marche! c est différent de 0. > C'est un probleme de conversion, double/int. Il y a un point là dessus dans la FAQ : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c gi/v3/faq#Pourquoi41.2BAC8-1000.2BAOc-afait0.3F -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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