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Utilisation des surfaces
by Bastien Preuss July 8, 2011

July 8, 2011

Bonjour, Dans mon modèle jutilise la surface des zones pour décrire les coefficients de migration entre mes zones. Je calcule un paramètre c tel que : c = surfaceZoneArrivée / (surfaceZoneDépart + surfaceZoneArrivée) Dans léquation cela donne : c = arrivalZone.getCell().size() / (departureZone.getCell().size() + arrivalZone.getCell().size()) ; Mais je me suis rendu compte que c valait 0 bien que mes surfaces soient égales à 324 et 56. Jai essayé de faire : szd = departureZone.getCell().size(); sza = arrivalZone.getCell().size(); c = sza / (szd + sza); Et ça marche! c est différent de 0. Jaimerais savoir pourquoi la première façon en calculant directement c ne fonctionne pas ? Pour savoir si cela risque de se produire dans dautres cas. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Regle TAC
by Jessica Andre July 8, 2011

July 8, 2011

Bonjour, Je suis en train de modifier la règle de TAC pour l'adapter a mes besoins (entre autre le calcul du TAC se fait de Mars a Mars dans l'une de mes pêcherie). Donc quelques petites question pour bien comprendre la règle avant de la modifier : Dans la condition de la règle, on calcule le catchTons a partir de « getTotalCatchTons » (en provenance du script « RuleUtil.java » ) pour savoir si on a atteint le TAC. « getTotalCatchTons » utilise la fonction getHoldCatch(pop) qui va chercher une matrice (HoldCatch). 1. Qu'est ce qu'il y a dans cette matrice exactement ( l'API n'est pas clair la dessus) ? HoldCatch correspond au CatchPerStartegyPerMetier donc c'est une matrice a 4 dimensions (0=strategies, 1=metiers, 2=group et 3=zones ?) qui cumule les catch pour l'espèce (je suppose) mais a partir de quand ? Depuis le début de la simulation ? Est-ce-que HoldCatch est remise a zéro au départ d'une nouvelle année dans la simulation? 2. Quelle est la différence avec getCatch ? Catch est aussi une matrice (combien de dimension ? Les même que HoldCatch ?) mais qui n'accumule pas les catch et donne juste les catch pour le pas de temps en cours pour la population spécifiée, c'est ca?! Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss July 7, 2011

July 7, 2011

Bonjour Jessica, Je serai intéressé de savoir comment tu as finalement contourné le problème du nombre de trajets, suite à la discussion de mars sur la non prise en compte du temps minimal entre 2 trajet? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 16 mars 2011 08:22 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour les précisions! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Wednesday, 16 March 2011 6:43 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour ces éclaircissements. Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom et deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. Ces paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans le cas contraire, ils sont indiqués en heures. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Bonjour Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par défaut) et des unités. Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais il y a sûrement encore des faiblesses. Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE SAISIR EN HEURES. ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en jour). Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus comment y acceder. Eric? Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur différente dans les interfaces. Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les renvoyer et je finaliserai une liste. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de > faire un report de bug aux lutins. > > J'envoie ça demain après que Stéphanie et d'autres aient pu faire leurs. > > Bastien > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > Dominique PELLETIER > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre > de trajets] > > Merci Bastien, > > dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était > prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties > Dominique > > Bastien Preuss a écrit : > > Pas évident de ne pas s'embrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé > en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les > paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on > ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le > manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en > jours, mais c'est bien en heures qu'il faut le mettre d'après les > équations. > > Donc de ce coté, c'est bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. > Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas > être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en > modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie > pas le nombre de trajets. > > Du coup l'équation est plutôt : > > (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) > > Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et > TripDurationstr,test en heures. > > Bastien > > *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 > *À :* PREUSS > *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > salut Bastien, > > tu as aussi été confronté à ce problème ? > Domi > > > -------- Message original -------- > > *Sujet: * > > > > [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets > > *Date: * > > > > Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 > > *De: * > > > > Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> > <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > *Répondre à :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > *Pour :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > > > > > Bonjour, > > Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les > stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. > > D'après l'article Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est > défini comme : > > (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / > (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) > > Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h > > Comme j'ai défini un metier "inactivité" dans mes stratégies, j'ai > fixé MinNbInactDays à 0. > > Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour l'avoir en > heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca > m'affiche 93 trajets, c'est-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le > MinTimeBetweenTrips. > > Pourquoi ?! Je n'arrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS > fait ce calcul... > > Merci d'avance. > > Jess > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > Marine Research Laboratories, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > -- > > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > -- > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss July 7, 2011

July 7, 2011

Pour reprendre le mail de Stéphanie du 18/03/2011, concernant les paramètres non utilisés, dans l'interface Flottilles, la "durée de la pêche" dans les paramètres d'un métier n'est pas utilisée. Seuls le 'Nb d'opérations de pêche' et le 'nombre d'engins par opération' sont utilisés (pour calculer l'effort standard par heure). Pour compléter la liste: 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage 3.Interface FLOTILLES Onglet Paramètres des métiers Durée de la pêche. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : vendredi 18 mars 2011 20:05 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci Bastien. Effectivement non utilisé comme la taille minimale de l'equipage et de trois. 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage Bastien et les autres utilisateurs, pouvez-vous completer cette liste au fur et à mesure en la reprenant dans les echanges? Merci d'avance. Eric ou Jean, pouvez-vous changer le nom de la variable Cout en Fuel d'un trajet en Cout Fuel en Route car il s'agit du Cout en Fuel consommé par Heure (et non par trajet) de route (cf equation GravityModel.java)? merci Stephanie Bastien Preuss a écrit : > Donc d'après ce que je vois dans le code, le paramètre "intervalle > d'activité" dans l'onglet type de navire n'est pas utilisé non plus, c'est > bien ça ? > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : jeudi 17 mars 2011 19:06 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > Salut Bastien > > C'est exact ! bien vu. > Dans l'interface TypeDeMaree, on doit saisir > 1. Durée en HEURE > 2. Temps minimal entre deux voyages en HEURE > Dans l'interface StrategieSaisieMois, il apparait un menu deroulant avec > les differents types de marées définis par les deux parametres saisis > dans l'interface TypeDeMaree transformés en JOUR si la durée est > >=24Heure et en HEURE sinon. > Si on regarde dans l'API à TRIPTYPE, les deux parametres sont en Time > unit qui est en HOUR PER DAY. > Ces deux parametres sont donc bien stockées en HEURE. > > A+ > stephanie > > Bastien Preuss a écrit : > >> Merci pour ces éclaircissements. >> >> Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois >> où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom >> > et > >> deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. >> > Ces > >> paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont >> indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans >> > le > >> cas contraire, ils sont indiqués en heures. >> >> A+ >> >> Bastien >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> > Stephanie > >> MAHEVAS >> Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de >> trajets] >> >> Bonjour >> >> Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par >> défaut) et des unités. >> Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais >> il y a sûrement encore des faiblesses. >> Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE >> SAISIR EN HEURES. >> ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface >> StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est >> renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en >> jour). >> Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette >> equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus >> comment y acceder. Eric? >> >> >> Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca >> comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire >> des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. >> Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur >> différente dans les interfaces. >> Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? >> Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les >> renvoyer et je finaliserai une liste. >> >> a+ >> stephanie >> >> Bastien Preuss a écrit : >> >> >>> Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de >>> faire un report de bug aux lutins. >>> >>> Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >>> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* >>> Dominique PELLETIER >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 >>> *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre >>> de trajets] >>> >>> Merci Bastien, >>> >>> dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était >>> prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties >>> Dominique >>> >>> Bastien Preuss a écrit : >>> >>> Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé >>> en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les >>> paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on >>> ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le >>> manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en >>> jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les >>> équations. >>> >>> Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. >>> Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas >>> être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en >>> modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie >>> pas le nombre de trajets. >>> >>> Du coup léquation est plutôt : >>> >>> (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) >>> >>> Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et >>> TripDurationstr,test en heures. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 >>> *À :* PREUSS >>> *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de >>> trajets] >>> >>> salut Bastien, >>> >>> tu as aussi été confronté à ce problème ? >>> Domi >>> >>> >>> -------- Message original -------- >>> >>> *Sujet: * >>> >>> >>> >>> [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets >>> >>> *Date: * >>> >>> >>> >>> Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 >>> >>> *De: * >>> >>> >>> >>> Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> >>> <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> *Répondre à :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> *Pour :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> >>> >>> >>> >>> Bonjour, >>> >>> Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les >>> stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. >>> >>> Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est >>> défini comme : >>> >>> (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / >>> (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) >>> >>> Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h >>> >>> Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai >>> fixé MinNbInactDays à 0. >>> >>> Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en >>> heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca >>> maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le >>> MinTimeBetweenTrips >>> >>> Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS >>> fait ce calcul... >>> >>> Merci davance. >>> >>> Jess >>> >>> >>> >>> > **************************************************************************** > >> *********** >> >> >>> *Dr Jessica André* >>> >>> Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) >>> >>> Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) >>> >>> Marine Research Laboratories, Private Bag 49 >>> >>> Hobart, TAS 7001, Australia >>> >>> Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 >>> >>> Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 >>> >>> Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> Web: >>> > http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > >>> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> >>> >>> -- >>> >>> >>> Dominique PELLETIER >>> >>> Cadre de recherche Biodiversité >>> >>> Coordinatrice du projet PAMPA >>> >>> /Senior scientist/ >>> >>> /Head of PAMPA project/ >>> >>> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >>> >>> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >>> >>> Nouvelle-Calédonie >>> >>> Tél. 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Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Import d'un script dans une regle
by Jessica Andre July 4, 2011

July 4, 2011

Bonjour, J'ai écris un script (RandomNormal_recruitsGarfish) qui créer une liste de 100 valeurs prise d'une distribution normale (représentant le nombre de recrus annuelle pour l'une de mes espèces pour les 100 prochaines années...) . Je désirerai importer cette liste dans une règle (Future_recruitment_garfish) afin de fournir a ISIS le futur nombre de recrus annuelles projetées (étant donne que je n'ai pas de relation stock-recruitment). Je fais comment ?! Je ne peux créer mes 100 valeurs directement dans la règle sinon ISIS me calcule une nouvelle liste a chaque pas de temps (c.a.d chaque mois). Je n'arrive pas a importer la liste dans la règle... J'ai attaché mon script et ma règle (cette règle marche si on a le recrutement sur 1 mois seulement, mais pour cette espèce je l'ai sur 4 mois et la règle créer un nombre de recrus différent pour chaque mois au lieu d'avoir un nombre de recrus fixe sur l'année qu'on divise par 4) . Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Simplex calibration capturabilité
by camille de la Vega June 28, 2011

June 28, 2011

Bonjour, La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). Je vous envois le plan de simulation, le debug et le fichier excel contenant les captures observées. Merci !! Camille

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erreur instqllqtion isis vista 64 bits
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr June 21, 2011

June 21, 2011

Hello, j allais ecrire pour dire que tt s'etait bien deroule car ya pas de raisons de pas dire quand ca va... mais finalement... j installe isis 3.3.0.4 sur un pc windows vistha 64bits (tout neuf) qui a java 1.6.0_24 tout se passe bien l interface apparait mais impossible de charger demo region : Uncaught error fetching image: java.lang.NullPointerException at sun.awt.image.URLImageSource.getConnection(Unknown Source) at sun.awt.image.URLImageSource.getDecoder(Unknown Source) at sun.awt.image.InputStreamImageSource.doFetch(Unknown Source) at sun.awt.image.ImageFetcher.fetchloop(Unknown Source) at sun.awt.image.ImageFetcher.run(Unknown Source) les qutres interfqces fonctionnent bien. Quel est le problem ? c est l image de la carte c est ca ? Merci :-)

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Animation du réseau ISIS-Fish en chaire et en os
by Stephanie MAHEVAS June 20, 2011

June 20, 2011

Chers ISIS-Fishiens La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation scientifique et technique autour de ISIS-Fish. Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et doit permettre 1. aux utilisateurs/développeurs * de mieux se connaitre * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions pour y pallier 2. aux nouveaux * de mieux comprendre ce qu'est ISIS, * à quoi il sert et * comment on l'utilise 3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications L'organisation de la réunion serait la suivante: Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le fonctionnement du réseau Journée 3 : Travaux pratiques Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux utilisateurs lointains de s'organiser http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de cette réunion. Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de leur diffuser l'information. Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] Rules pour mettre une ogive de trie
by Bastien Preuss June 15, 2011

June 15, 2011

Bonjour Camille, As-tu bien vérifié ce que disait Eric, à savoir que tu ne mélanges pas des abondances et des poids ? : L'export exporte MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP et non MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP que vous utilisez dans votre regles. Ça mest déjà arrivé ! et effectivement les poids sont bcp plus important que les abondances. En espérant que ça soit juste ça ! Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de camille de la Vega Envoyé : mardi 7 juin 2011 18:46 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Rules pour mettre une ogive de trie Merci Sigrid. Mais ça ne change rien d'inverser les boucles. Les rejets sont toujours beaucoup plus élevés que les captures. J'ai vérifé les captures sans la règle sont les mêmes que les captures avec la règle. C'est donc bien les rejets qui sont mal calculé mais ça doit être au moment du remplissage de la matrice parce que les étapes d'avant donnent des valeurs cohérentes. Je vais essayer de faire le script avec Matrix Interator. Mais je comprends pas pourquoi ça marche pas avec les boucles... ++ Le 6 juin 2011 19:33, <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : Hello, je ne sais pas si ca resoudra ton pb, mais l ordre dans lequel tu boucles avec strategie au debut est bisarre. j ai peur que tu ecrases l ancienne matrice discard a chaque nouvelle strategie... je ferais plutot : for(pop){ if(pop){ for(str){ for(grp){ for(zone){ if (met){ }}}}}} ensuite je me rappelle plus si c est important mais ligne 203 je fermerais la parenthese devant le else ("}else{") sinon pour eviter les boucles je ferais bien un matrixIterator... mais essaies deja comme ca. A+ camille de la Vega <cam.delavega(a)gmail.com> a écrit : J'ai un nouveau problème : les valeurs de rejets sont beaucoup plus grande que les valeurs des captures... J'ai affiché dans le debug les pourcentages à rejeter ("rejet") qui sont bon (entre 0 et 1) et les valeurs des rejets ("value") qui sont cohérent aussi... Mais les valeurs des rejets dans result export sont de l'ordre 10E7 alors que les captures sont de l'ordre 10E4. Le problème vient peut être de discard.setValue qui n'est pas au bon endroit dans la boucle ? Les valeurs des pourcentages à rejeter n'étaient pas bonnes jusqu'à ce que je mette directement "1-trie" dans le code sans créer la variable "rejet=1" au début des boucles "for". Je crois que la valeur mise dans rejet par le code "rejet=rejet-trie" était reprise dans la boucle et n'était pas remise à 1. Donc je me dis que c'est peut être le même problème avec le discard.setValue (la matrice discard n'étant pas définie dans la même boucle). Camille Le 6 juin 2011 14:03, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : Le 06/06/2011 13:00, camille de la Vega a écrit : > Sorry ! > Le voila ! > Camille N'est pas peur de lire le debug si tu y arrive, car normalement quand ca plante, il t'informe sur ce qui ne va pas. Dans ce cas, l'erreur est : java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:zone metier merlu-seiche in [zone_merlu_presence, zone_merlu_recrutement, zone_merlu_reproduction, zone_merlu_cotiere] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:234) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:2 08) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:380) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:402) at rules.Ogive_de_Trie.aw <http://rules.ogive_de_trie.aw/> <http://rules.ogive_de_trie.aw/> $original$_AW_$postAction$_AW_$rules_Ogive_de_Trie(Ogive_de_Trie.java:206) A la ligne Ogive_de_Trie : discard.setValue(str, metier, group, zone, sanstrie); dans ce cas, la zone ne semble pas être une zone qui a servit a définir la matrice Catch. "merlu-seiche" par rapport à zone_merlu_presence, zone_merlu_recrutement, zone_merlu_reproduction, zone_merlu_cotiere ? J'essayerais en remplacant : List<Zone> zones = siMatrix.getZones(date); par List<Zone> zones = pop.getZones(); -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com <http://www.codelutin.com/> _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss June 8, 2011

June 8, 2011

Bonjour, Merci Eric, je peux maintenant récupérer la liste des métiers dans AnalysPlan, mais par contre il se passe quelque chose que je ne comprends pas: Ma matrice matrixDebarquement est bien créée puis remplie dans l'init. Avec un log.info j'ai pu contrôler quelle était correcte en BeforSimulation, par contre, je mets aussi un log.info en AfterSimulation après avoir déclaré L (matrice des valeurs simulées) et là ma matrixDebarquement est null ! J'ai essayé de voir si le fait de la créer dans le TopiaContext pouvais en être la raison, mais je n'arrive à remédier au problème. Faut-il créer la matrice matrixDebarquement à un autre endroit pour qu'elle soit conservée pour le reste du plan d'analyse? Si cela peut servir, je mets mon code en PJ. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 7 juin 2011 19:23 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration Le 06/06/2011 23:27, Bastien Preuss a écrit : > Salut Eric, > > Suite à la réponse de Sigrid, sais-tu comment on récupère la liste des metiers dans l'init d'un plan d' > analyse? Désolé, j'avais lu le mail, mais oublié de répondre. Voilà comment tu peux récuperer tous les metiers de la base dans l'init : public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { SimulationParameter params = context.getParam(); RegionStorage region = params.getRegion(); TopiaContext tx = region.getStorage().beginTransaction(); FisheryRegion fisheryRegion = RegionStorage.getFisheryRegion(tx); List<Metier> metier = fisheryRegion.getMetier(); // code a faire sur les metiers tx.closeContext(); } -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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