June 2005 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.7
by Benjamin POUSSIN 05 Jul '05

05 Jul '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * ajout dans le LogMonitor des StackTraces * ajout d'une règle pour avoir les résultats économiques * Amélioration des matrices Eco (ajout d'un nom à la matrice et au dimension, traitement special si pas d'effort) * Lors de la sauvegarde des resultats l'export n'est vraiment fait que lorsqu'il y a au moins une méthode d'export selectionnée * Ajout d'un cache pour le XMLEncoderDecoder * On ne fait plus le Changement de classe si la MetaPop est en longueur Cette version doit améliorer le temps de sauvegarde des résultats apres la simulation. Il est possible d'avoir les résultats économiques en important dans sa base le fichier http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-regle-… et lors de la simulation, il faut ajouter la regle economique dans les regles a utiliser durant la simulation. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] simulation et carte
by Marie Capoulade 01 Jul '05

01 Jul '05

Bonjour, Merci pour les infos, j'arrive enfin à faire tourner des simulations simples (sans règles de gestion)même si c'est très long au niveau de l'exportation des résultats et au niveau de l'affichage des résultats. La simulation en elle même est assez rapide (5minutes) mais l'affichage et l'exportation des résultats prennent une grosse demi-heure. Cela est-il du à la fine résolution spatiale de notre zone ? Est il possible d'améliorer la rapidité des exportations ? Benjamin, as tu réussis à utiliser les fonds de carte que je t'avais envoyé ? Merci, Marie

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Re: [Isis-fish-user] changements de classe
by Marie Capoulade 20 Jun '05

20 Jun '05

Bonjour, Voici la matrice de changement de classe pour la pop R_Sar qui est calculée automatiquement. C'est la même matrice quelque soit la saison (nos saisons sont : janvier-février, mars-avril, mai-juin etc...). On voit qu'il y a seulement un changement de classe entre c0 et c1. c0 c1 c2 c3 c4 c5 c0 0,7 0,3 0,0 0,0 0,0 0,0 c1 0,0 1,0 0,0 0,0 0,0 0,0 c2 0,0 0,0 1,0 0,0 0,0 0,0 c3 0,0 0,0 0,0 1,0 0,0 0,0 c4 0,0 0,0 0,0 0,0 1,0 0,0 c5 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 1,0 Si je spécifie moi-même les coefficients en mettant des valeurs différentes selon mes saison en vue d'un changement de classe, le rendu de la simulation ne donne pas les résultats que j'attend. Il y a des problèmes dans le passge de c2 à c3, et de c4 à c5. Je vous envoie ma base de données "Banyuls", ce sera peut être plus simple. Merci Marie >From: Stephanie MAHEVAS Reply-To: Liste pour les utilisateurs du simulateur >To: Liste pour les utilisateurs du simulateur Subject: Re: [Isis-fish-user] >changements de classe Date: Mon, 20 Jun 2005 12:57:04 +0200 > > > >il est difficile de repondre a ta question sans les donnees. Pour la >premiere partie, si ta fonction de croissance est correcte, s'est surement >que soit la matrice n'est pas remplie automatiquement (Benjamin?) soit que >le calcul ne correspond pas a ce a quoi tu t'attends. > >as-tu remplis a la main la matrice de croissance en utilisant la formule de >calcul automatique? pourrais-tu envoyer ta matrice? > >stephanie > > >Marie Capoulade a écrit: >>Bonjour, >> >>Nous avons un petit soucis dans la détermination des changements de >>classes : >> >>La population de sars est structurée en longueur et possède des classes >>allant de 0 à 5. A la fin d'une simulation (sans mesure de gestion ni >>pêcheries), les effectifs rendus ne semblent pas tenir compte des >>changements de classes. J'ai mis uniquement des effectifs à la classe 0 >>pour bien voir ce qui se passait lors des changements de classes. >> >>Si les coefficients de changement de classe sont "calculés >>automatiquement" (selon les équations de croissance), aucun changement de >>classe n'est indiqué dans le tableau et dans le rendu des simulations. >> >>Si je rentre à la main les coefficients de changement de classe comme ils >>devraient être, certaines classes qui devraient durer une année ne durent >>qu'un mois, ou bien la dernière classe de longueur (classe5) apparait dès >>la première année alors que logiquement elle devrai apparaître lors de la >>6eme année. >> >>J'ai vérifié les équations de croissance, elles sont tout à fait >>correctes. >> >>Merci de votre aide, >> >>Marie >> >> >> >>_______________________________________________ Isis-fish-user mailing >>list Isis-fish-user(a)lists.labs.libre-entreprise.org >>http://lists.labs.libre-entreprise.org/mailman/listinfo/isis-fish-user > > >-- >...................................................................... >Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/MAERHA Tel: 02 >40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 (Mathématiques Appliquées à l'Evaluation >des Ressources Halieutiques et Aquacoles) rue de l'île d'Yeu BP 21105 >44311 NANTES Cedex 03 http://www.ifremer.fr/maerha o \ o / _ o > __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o >\o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ >/o\ / ) | (\ / | / \ / \ >...................................................................... > > >_______________________________________________ Isis-fish-user mailing list >Isis-fish-user(a)lists.labs.libre-entreprise.org >http://lists.labs.libre-entreprise.org/mailman/listinfo/isis-fish-user

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[Isis-fish-user] Saison métier
by Bastien PREUSS 20 Jun '05

20 Jun '05

Suite à des erreurs de simulations et a une discussion avec Benjamin, il apparaît que les saisons de tous les métiers (même ceux non utilisés) doivent être définis (aucun mois de l'année ne doit resté hors d'une saison). De plus, dans la version actuelle, il n'est pas possible de lancer des simulations sans appliquer l'activité de pêche. Bastien

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[Isis-fish-user] simulation échouée
by Bastien PREUSS 20 Jun '05

20 Jun '05

Benjamin, Suite à notre discusion, j'ai donc défini des saisons pour tous les métiers (même ceux qui ne sont pas utilisés) ce qui a bien débloqué mes simulation qui maintenant tournent!! Et en effet les simulations ne fonctionne pas sans activité de pêche. Merci Ciao

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[Isis-fish-user] changements de classe
by Marie Capoulade 20 Jun '05

20 Jun '05

Bonjour, Nous avons un petit soucis dans la détermination des changements de classes : La population de sars est structurée en longueur et possède des classes allant de 0 à 5. A la fin d'une simulation (sans mesure de gestion ni pêcheries), les effectifs rendus ne semblent pas tenir compte des changements de classes. J'ai mis uniquement des effectifs à la classe 0 pour bien voir ce qui se passait lors des changements de classes. Si les coefficients de changement de classe sont "calculés automatiquement" (selon les équations de croissance), aucun changement de classe n'est indiqué dans le tableau et dans le rendu des simulations. Si je rentre à la main les coefficients de changement de classe comme ils devraient être, certaines classes qui devraient durer une année ne durent qu'un mois, ou bien la dernière classe de longueur (classe5) apparait dès la première année alors que logiquement elle devrai apparaître lors de la 6eme année. J'ai vérifié les équations de croissance, elles sont tout à fait correctes. Merci de votre aide, Marie

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[Isis-fish-user] simulation échouée
by Bastien PREUSS 20 Jun '05

20 Jun '05

Bonjour Benjamin, Je te mets en pièce jointe ma base de donnée et mon fchier d'erreur. La simulation commence à tourer mais s'arrête à la moitié. Je comprends pas la message d'erreur, est-ce que tu pourrais regarder et me dire ce qui ne va pas dès que possible. Merci Bastien 17 juin 2005 19:15:33 - INFO - class fr.ifremer.db.ClassePopulationObject est inconnu par wrap. classe 11.182787112880552 effectifs 8.958154349665119 fécondité 5860 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - tripDuration=120.0 travelTime=58.28644766170613 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - nbTrips=6 fishingTime=61.71355233829387 stdEffortPerHour=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - propSetOfVessels=1.0 nbOfVessels=80 propStrMet=0.0 effortPerVessel=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - tripDuration=120.0 travelTime=21.473567209377645 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - nbTrips=6 fishingTime=98.52643279062235 stdEffortPerHour=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - propSetOfVessels=1.0 nbOfVessels=80 propStrMet=0.0 effortPerVessel=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - tripDuration=120.0 travelTime=46.778876797390154 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - nbTrips=6 fishingTime=73.22112320260985 stdEffortPerHour=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - propSetOfVessels=1.0 nbOfVessels=80 propStrMet=0.0 effortPerVessel=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - tripDuration=120.0 travelTime=59.57486680905025 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - nbTrips=6 fishingTime=60.42513319094975 stdEffortPerHour=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - propSetOfVessels=1.0 nbOfVessels=80 propStrMet=0.0 effortPerVessel=0.0 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - tripDuration=120.0 travelTime=78.06255044932853 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - nbTrips=6 fishingTime=41.937449550671474 stdEffortPerHour=0.20833333333333334 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - propSetOfVessels=1.0 nbOfVessels=80 propStrMet=1.0 effortPerVessel=52.421811938339346 17 juin 2005 19:15:34 - SEVERE - Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul 17 juin 2005 19:15:34 - WARNING - La simulation a échoué Erreur durant la creation de la simualtion resultat. fr.ifremer.simulator.SimulationException: Erreur durant la creation de la simualtion resultat. at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:308) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:295) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:384) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:416) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:266) Caused by: org.codelutin.ecmascript.ECMAScriptException: Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:189) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:349) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:222) ... 4 more Caused by: FESI.Exceptions.EcmaScriptException: Runtime error Error in java method calculMois Caused by exception: null java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.distance(SiMatrice2.java:347) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.distance(SiMatrice2Optimisation.java:545) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.travelTimePerTrip(SiMatrice2.java:405) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.travelTimePerTrip(SiMatrice2Optimisation.java:607) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.fishingTimePerTrip(SiMatrice2.java:434) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.fishingTimePerTrip(SiMatrice2Optimisation.java:678) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.effortPerStrategyPerVessel(SiMatrice2.java:491) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.effortPerStrategyPerVessel(SiMatrice2Optimisation.java:806) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.effortPerStrategyMet(SiMatrice2.java:555) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.effortPerStrategyMet(SiMatrice2Optimisation.java:965) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.matriceEffortPerStrategyMet(SiMatrice2.java:624) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.matriceEffortPerStrategyMet(SiMatrice2Optimisation.java:1109) at fr.ifremer.simulation.Simulateur2.calculMois(Simulateur2.java:230) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:908) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:349) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:222) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:295) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:384) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:416) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:266) detected at line 117 of function 'SimulateurES_simuler' in string starting with: 'function SimulateurES(){}'... called at line 24 of function 'Simul_simul' in string starting with: 'function Simul(){}'... at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:910) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) ... 6 more fin de simulation Fri Jun 17 19:15:34 CEST 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 54628584/110874624)

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[Isis-fish-user] Performance et utilisation memoire
by Benjamin POUSSIN 16 Jun '05

16 Jun '05

Bonjour, Utilisation de la region de Bastien Toujours sur le bi-xeon avec 2Go de Ram Toutes les populations (7) avec la strategie: sur 3 ans: ~220Mo de Ram et 3 minutes sur 10 ans avec les resultats eco: ~650Mo de Ram et 17 minutes Le temps comprend tout (preparation simu, simu, sauvegarde) La memoire Ram represente la Ram utiliser par le simulateur. La memoire qu'on lui alloue lors du lancement doit donc etre superieur a ca (java -mx1024M par exemple) -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] simulation langoustine
by Bastien PREUSS 15 Jun '05

15 Jun '05

Bonjour Benjamin, Je n'arrive toujours pas à faire tourner ma population de langoustine sur mon ordi(cf. Bug 462). Par contre, je viens d'essayer avec la même base de données sur le nouveau serveur, ça marche, mais c'est très très long. Le serveur et un biprocesseur et 2Go de mémoire vive sont alloué à la simulation, et pourtant la simulation met plus d'une heure à tourner (avec des effectifs initiaux de 10 individus dans chaque zone, sur 3 ans, et sans activité de pêche!). Donc, je me demande pourquoi ça marche sur une machine et pas sur une autre. ET si il va être possible de faire une simulation avec beaucoup de populations (6), de la pêche et sur 10 ans?? Je te mets ma bases de données en pice jointe. Merci Bastien

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[Isis-fish-user] variables de sortie
by Stephanie MAHEVAS 09 Jun '05

09 Jun '05

Bonjour quelles sont les noms des variables economiques sauvegardées en sortie de simulation? et quelles sont leurs structures? ces questions afin de pouvoir construire une fonction d'export, a moins que tu ne les aies deja ecrites pour tester le bon fonctionnement. merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/MAERHA Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 (Mathématiques Appliquées à l'Evaluation des Ressources Halieutiques et Aquacoles) rue de l'île d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 http://www.ifremer.fr/maerha o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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