December 2009 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Dimension de la matrice rejets et possibilité d'avoir les débarquements en biomasse?
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 21 Dec '09

21 Dec '09

Bonjour les ISISiens, peut-être pouvez-vous m'éclairer. Mes simus sont sur 15 ans, donc 180 mois. Lorsque je récupère les infos des sommes des biomasses ou captures par mois, j'obtiens logiquement 180 valeurs. Par contre, lorsque je fais ça sur les rejets, j'obtiens 133 valeurs...je ne comprends pas pourquoi je n'en ai pas 180. Pourtant il me semble que les colonnes sont les mêmes pour les captures et les rejets...alors pourquoi je n'ai pas les mm dimensions pour les matrices ? De même, les débarquements sont en abondance. N'y a-t-il pas possibilité de les avoir en biomasse ? J'ai essayé de regarder où modifier les scripts pour créer ça, mais j'ai un peu peur de ne pas faire ce qu'il faut... Merci delphine

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Re: [Isis-fish-users] plan D-opt
by Jean Couteau 17 Dec '09

17 Dec '09

J'aurais besoin de savoir comment tu crées le data.frame matcompl pour pouvoir créer le script de sensibilité. Je pensais mettre en paramètres de l'analyse : criterion et approximate, les autres paramètres étants dépendants de ce dernier, je pensais les laisser par défaut et laisser l'utilisateur modifier à la main l'instruction R générée. J'ai peu qu'autrement les utilisateurs ne connaissant pas la méthode ne s'amusent à jouer avec les paramètres, ce qui ferait planter R à chaque fois. L'utilisateur chevronné sachant ce qu'il fait pourrait alors modifier le code R. Est-ce que ça serait bon comme ça ? Sigrid LEHUTA wrote: > Voici celui que j ai utilisé : > library(AlgDesign) > optD=optFederov(~(fec+effEsp+effPel1+effPel2+effBol1+effBol2+Mc+spat+migD+migC+tac+mpa)^2 > > ,data=matcompl, approximate =FALSE, center=F, criterion = > "D",nRepeats=10) > > A++ >

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Comment obetnir le fichier des débarquements dans resultExports
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 16 Dec '09

16 Dec '09

Bonjour les ISISiens, j'aimerais avoir le fichier csv des débarquements (LANDINGS_PER_MET) dans le dossier resultExports de mes simulations. J'ai essayé de le créer à partir à partir de l'onglet script d'ISIS (il me dit que la compilation a réussie lorsque je vérifie le script), mais lorsque je fais tourner des simus, il n'apparaît pas dans le dossier, je ne sais pas pourquoi. Je vous envoie en pièce jointe le script que j'ai créé dans Export. Qui peut me dire pourquoi ? Merci Delph

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Erreur dans l'ouverture des résultats dans ISIS
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 14 Dec '09

14 Dec '09

Bonjour, encore un message... j'essaye d'ouvrir les résultats d'une simu dans la fenêtre ISIS, ça fonctionne pour abondance et biomasse de la pop, par contre, il n'affiche rien pour les captures etc...(alors que ça a apparemment tourné sans soucis). Ci-joint le debug. Apparemment il y a qqes erreurs (can't init map ?), que je n'ai pas sur les autres simus.... Help ? Merci Delph

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Problème dans la règle de gestion "Taille min"
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 14 Dec '09

14 Dec '09

Bonjour à tous, ayant utilisé la règle de gestion "Taille min", je trouvais les résultats un peu étranges, puisque les captures de pêche ne diminuaient pas par rapport à une simu sans règle de gestion, alors que les pêcheurs sont censés rejeter les petits individus, et je trouvais des valeurs non nulles de captures des petits individus. En allant bien regarder dans la règle (et en retravaillant sur les fichiers csv), je me suis rendue compte qu'en fait, les valeurs de captures des petits indiv vont dans une matrice "rejets", mais ne sont apparemment pas enlevés de la matrice "captures" et ne semblent pas non plus rajoutés à la matrice "population". Pourquoi ? Les résultats sont alors faux ? Est-ce que les petits individus rejetés participent à l'augmentation de la pop et deviendront de la biomasse reproductrice ? Merci, Delphine

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Unsafe operations dans SiMatrix
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 10 Dec '09

10 Dec '09

Bonjour tout le monde, je lance des simus, et certaines fonctionnent (j'ai des résultats) et d'autres non (la fenêtre ISIS de résultats est vide). En allant vérifier dans les scripts, lorsque je clique sur "vérifier", cela m'indique "compilation réussie", par contre, j'ai également un message d'erreur (le même que celui qui apparaît dans le .bat) qui dit " Note: C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details." Je suis allée faire un tour dans SiMatrix, mais je ne sais pas où ça coince... Qui peut m'éclairer ? Merci Delph

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Re: [Isis-fish-users] [Isis-fish-devel] Relancement des simulations
by Jean Couteau 08 Dec '09

08 Dec '09

> Sur une analyse de sensibilité de 1500 simulations, ça fait une taille > totale d'environ 250Mo. > Ce n'est pas si génant que ça : 1500 simus avec la base GdG ça prend 52,5 Go

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sensitivity
by chirine HUSSEIN 07 Dec '09

07 Dec '09

bonjour à tous, toujours avec les methode de la sensibilité, pour la methode "SensitivityCalculatorJavaExpandGrid", si le nombre de parametre assez grang ( dans mon cas 87 ) les simulations de la sensibilité ne tournent pas, en sachant que j'ai fait un essai sur 5 paramètres et la methode fonctionne bien. merci bien chirine

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[Isis-fish-user] statistique liste user
by Hilaire Drouineau 02 Dec '09

02 Dec '09

Salut salut, Une petite suggestion. Lors du HDR de Steph, on lui a demandé des indices montrant que ISIS commençait à devenir de plus en plus populaire. Une solution quantitative pour communiquer là dessus pourrait être de publier (par exemple sur le site internet) régulièrement les statistiques d'utilisation de la liste isis-user non? Quand on compare les 1 ou 2 mails mensuels quand j'ai commencé (oui je suis vieux), aux 30 mails mensuels actuels, ça montre bien que l'activité n'a fait qu'augmenter. Bonne idée? Faisable techniquement? A+ Hilaire

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lansement des simulations
by chirine HUSSEIN 02 Dec '09

02 Dec '09

Bonjour, J’ai un petit problème, je suis en train d’installer l’analyse de sensibilité sur un nouvel ordi (système Windows 7) mais dès que je lance les simus de l’analyse, ISIS se ferme toute de suit, j’ai déjà eu le même problème quand j’ai lancé la sensibilité avec la nouvelle version. J’ai suivi les suggestions d’Eric Chatelleier dans son mail de 14 octobre mais le problème persiste. Je vous envoie le fichier d’erreor après que j’ai modifié le fichier "go.bat" et ajouter à la fin "2>&1" Merci bien pour votre aide Chirine

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