March 2019 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '19

31 Mar '19

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] réduire temps de simulation
by Eric Chatellier 25 Mar '19

25 Mar '19

Le 25/03/2019 à 10:10, Sophie LEFORESTIER a écrit : > Bonjour Eric, > > Oui en effet c'est le mois de février qui est très long à tourner à cause des > équations de migration, émigration et immigration pour chacune des trois > sous-populations. > > On pourrait peut-être écrire ces équations différemment pour espérer gagner du > temps de simulation, qu'en penses-tu? As oui en effet, je pensais que tes equations était simple, je viens d'en voir une un peu plus compliqué. Dans cette equations (Sole3z_UK) : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; double newJuv_Rye = 0; double newJuv_UKwest = 0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } return result; } else return 0; Tu fais plein de chose avec "MatrixAbundance", mais si ton groupe n'est pas "1" oui si les zones ne sont pas "Sole_nurs_Rye" et "Sole_nurs_UKwest", tu fais tout ce travail pour rien. Tu pourrais bien optimiser l'equation en déplacant simplement le IF : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; if (group.getAge() == 1 && ( zoneName.equals("Sole_nurs_Rye") || zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) ) { for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; } else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } } return result; Il y en a deux autres à faire aussi dans Sole3z_WestFR et Sole3z_EastFR. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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réduire temps de simulation
by Sophie LEFORESTIER 21 Mar '19

21 Mar '19

Bonjour, Les simulations qui tournent avec les populations "Sole3z_WestFR", "Sole3z_EastFR" et "Sole3z_UK" (enregistrées sous l'espèce "Sole3zones" dans la base ci-jointe) mettent beaucoup de temps à tourner (il faut compter une dizaine de minutes pour faire tourner le modèle sur 4 ans). La durée importante de simulation pose problème pour calibrer le modèle sur Datarmor car le temps d'exécution des jobs est limité à 48h max. Penses-tu que l'on pourrait réduire la durée de simulation en modifiant les équations de migration relatives à ces trois populations? Merci! Sophie

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problème lancement simu sur R avec ZIP + script de pré-simu
by Sophie LEFORESTIER 04 Mar '19

04 Mar '19

Bonjour, Je peux maintenant faire tourner des simulations en utilisant le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, lorsque je lance une simulation depuis R avec un ZIP qui tient compte du script de pré-simulation, une erreur apparaît : "Can't evaluate simulation prescript". En effet, le "parameters.properties" de la simulation spécifie bien qu'un prescript est utilisé, mais ce prescript ne semble pas figurer dans le ZIP. Pour information, l'utilisation du script de pré-simulation permettant de changer les paramètres de capturabilité au début de chaque simu ne permet pas de gagner du temps de simulation par rapport à l'utilisation d'une règle de gestion (temps de simu semblables à 2-3 secondes près). Merci! Sophie

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