May 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Conférence ISIS-Fish aux RMLL 2010 à Bordeaux
by Jean Couteau 25 May '10

25 May '10

Bonjour à tous, je vous annonce que j'animerais une conférence sur ISIS-Fish lors des Rencontres Mondiales du Logiciel Libre 2010 qui se tiendront du 6 au 11 juillet à Bordeaux. Si ça vous intéresse d'y assister... Je n'ai pas encore le jour et l'heure de la conférence, les programmes n'étant pas encore définitifs, mais je vous en ferais part dès que je les aurais. L'annonce de la conférence sur le site des RMLL : http://2010.rmll.info/ISIS-Fish-un-simulateur-libre-pour-la-recherche.html Bonne journée Jean Couteau Code Lutin

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Problème de nombre de groupe
by Benoit Archambault 17 May '10

17 May '10

Bonjour, dans une population structuré en taille, je rentre les groupes manuellement (50 groupes en tout, car séparation mâle/femelle et mature / immature. J'ai donc première taille = 3.2 Puis je rentre : 5.1;7.7;11.0;15.3;21.0;28.5;38.3;50.7;64.5;79.8;96.7;115.3;136.0;3.2;5.1;7.7;11.0;15.3;21.0;28.5;38.3;50.7;64.5;79.8;96.7;115.3;136.0;3.2;4.6;6.6;9.7;14.1;20.2;27.4;35.5;45.2;57.1;68;35.5;3.2;4.6;6.6;9.7;14.1;20.2;27.4;35.5;45.2;57.1;68; Ce qui me fait 50 groupes au total, tout va bien je vérifie j'enregistre. Si je recharge la région le nombre de groupes est passé a 120. Jusqu,au 31 ème inclus il y a 3 groupes 0, 3 groupes 1 etc.. de 32 à 38 inclus il y a des doublons de 39 à 49 c'est normal. Merci de votre aide, Benoit.

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Transfert d'effectifs entres populations ?
by Benoit Archambault 12 May '10

12 May '10

Bonjour, J'ai une population de crabe des neiges (délicieux au passage..) divisée en plusieurs groupes (structure taille), correspondant à des stades de mues. Biologie simplifiée : La "mue terminale" peut s'effectuer à partir d'un certain stade, avec une certaine probabilité. Une fois la mue terminale effectuée, l'individu est mature et ne grandira plus. Pour Isis :il faut que a chaque transition entre les groupes, une certaine fraction soit stockée dans une population mature sans croissance. Donc il faudrait pouvoir transférer une partie des effectifs d'une population source immature avec croissance à une population mature sans croissance. Enfin c'est comme ca que je le vois, si vous avez d'autres suggestions je suis preneur. Bonne journée, Benoit

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur Windows 7
by Eric Chatellier 10 May '10

10 May '10

On 04/05/2010 06:25, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour, > > J’ai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche d’après ce qui > avait été dit dans des mails précédents), mais j’obtient quelques erreurs. > > J’ai bien installé JDK, et j’ai aussi supprimé la database pour qu’ISIS la > recharge. > > Bref j’ai une erreur quand je charge une région (j’en ai essayé plusieurs dont > la DemoRegion), le Debug est en PJ. > > D’autre part, tous les noms d’onglets sont bizarres, on dirait que ça > correspond aux objets Java au lieu d’être les noms normaux. > J'ai bien reproduit l'erreur sous windows. Elle n'est pas spécifiques à Windows 7 mais plutôt au noms de répertoires accentués. C'est bien un bug d'Isis, mais en attendant sa résolution, il est possible de contourner le problèmes en déplacement Isis dans un répertoire qui ne contient aucun accents. Dans ton cas, je pense que Isis est installé dans "C:\Users\Jérémy" (ou un de ses sous répertoires). En le déplaçant ailleurs, cela devrait mieux fonctionner. -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur cluster
by Eric Chatellier 06 May '10

06 May '10

On 06/05/2010 07:43, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour Eric, > Salut, > > Une bonne nouvelle à priori, ISIS semble maintenant tourner sur le cluster, le > dernier debug, ne contient aucune erreur. > > Il va maintenant falloir voir si toutes les simu à venir et les résultats sont OK. > Ok. > > Une chose reste limitant, c’est la lenteur de l’interface graphique de ISIS > sur le cluster, il y a des temps d’attente d’environs 10 secondes à chaque > clic de souris (ouverture d’onglet notamment) ! > > Mais j’imagine que cela ne vient pas d’ISIS … > Non, cela ne vient pas de Isis. Je ne connais pas toute l'architecture du cluster, mais il peu y a avoir plusieurs causes possibles (reseau...). > > Une petite remarque de l’administrateur du cluster : l’utilisation de la CPU > par le programme, seul 19% maximum de la CPU est utilisée lors des simulation > test, il trouve ça très peu. > Je trouve ca peu aussi. Sur caparmor, on est a 85%. Je pense que le disque est partagé sur NFS donc c'est normal. Sur caparmor, les disques sont locaux à caparmor donc, il n'y a aucun accès réseau lors de l'écriture. > > Bonne journée. > -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ISIS sur cluster
by Bastien Preuss 06 May '10

06 May '10

Bonjour Eric, Une bonne nouvelle à priori, ISIS semble maintenant tourner sur le cluster, le dernier debug, ne contient aucune erreur. Il va maintenant falloir voir si toutes les simu à venir et les résultats sont OK. Une chose reste limitant, cest la lenteur de linterface graphique de ISIS sur le cluster, il y a des temps dattente denvirons 10 secondes à chaque clic de souris (ouverture donglet notamment) ! Mais jimagine que cela ne vient pas dISIS Une petite remarque de ladministrateur du cluster : lutilisation de la CPU par le programme, seul 19% maximum de la CPU est utilisée lors des simulation test, il trouve ça très peu. Bonne journée. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur Windows 7
by Eric Chatellier 04 May '10

04 May '10

On 04/05/2010 06:25, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour, > > Salut, > > J’ai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche d’après ce qui > avait été dit dans des mails précédents), mais j’obtient quelques erreurs. > > J’ai bien installé JDK, et j’ai aussi supprimé la database pour qu’ISIS la > recharge. > > Bref j’ai une erreur quand je charge une région (j’en ai essayé plusieurs dont > la DemoRegion), le Debug est en PJ. > Il y a bien une erreur. Parce contre, le code en erreur a été fait spécialement pour Windows (les precedents). Il me faudrait un Windows 7 pour tester et vérifier pourquoi cela ne fonctionne pas comme avant. > > D’autre part, tous les noms d’onglets sont bizarres, on dirait que ça > correspond aux objets Java au lieu d’être les noms normaux. > Tu pourrais faire une copie d'écran de ça ? -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ISIS sur Windows 7
by Bastien Preuss 04 May '10

04 May '10

Bonjour, Jai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche daprès ce qui avait été dit dans des mails précédents), mais jobtient quelques erreurs. Jai bien installé JDK, et jai aussi supprimé la database pour quISIS la recharge. Bref jai une erreur quand je charge une région (jen ai essayé plusieurs dont la DemoRegion), le Debug est en PJ. Dautre part, tous les noms donglets sont bizarres, on dirait que ça correspond aux objets Java au lieu dêtre les noms normaux. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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