April 2019 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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Quelques demandes sur ISIS 4.4.2.2
by Audric Vigier 30 Oct '19

30 Oct '19

Bonjour, Je viens de faire un essai sur une analyse de sensibilité, j'ai plusieurs demandes: -est-ce que ce serait possible de rajouter la possibilité de sauvegarder tous les paramètres d'une analyse de sensibilité (dont les facteurs, les résultats et exports à conserver, etc. ... tout ce qui est défini dans l'interface de l'AS), sans être obligé de lancer l'analyse de sensibilité? Ça éviterait de devoir faire tout ce clic-bouton d'une traite. -J'ai renseigné pas mal de choses à travers des pops-ups, soit trop petites soit trop grandes (donc un clic de plus pour changer sa dimension). C'est le cas aussi dans la base de données, pour vérifier si un script compile (la fenêtre est minuscule). Est-ce qu'il y a moyen de revoir la taille de ces fenêtres? -J'ai vraiment galéré pour faire quoi que ce soit avec les équations de migrations aujourd'hui. J'en ai 12 pour le merlu. Dans la base de données, si je veux en modifier une (avec l'éditeur, vérif de compilation, puis bouton Sauver), aucune modif n'est conservée si je ne change pas d'onglet après la sauvegarde (pour modifier les 12 équations, j'ai donc dû jongler 12 fois avec un autre onglet juste pour que les modifs soit bien enregistrées). C'est pareil dans l'interface d'analyse de sensibilité : si je ne changeais pas d'onglet après avoir défini un facteur continu pour équation, l'interface mélangeait tous les facteurs et les équations pour les équations suivantes, et j'étais bon pour tout recommencer depuis le début. -Est-ce que dans une règle de gestion utilisée dans une AS je peux récupérer le numéro de la simulation dans l'analyse de sensibilité, comme on peut le faire avec un plan de simulations? De même, comment y faire référence dans un export de sensibilité? Si je ne peux pas je vais être obligé de me passer de l'interface d'analyse de sensibilité. A+ Audric

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Re: [Isis-fish-users] AS qui tourne pas
by Eric Chatellier 26 Apr '19

26 Apr '19

Le 26/04/2019 à 10:28, Audric Vigier a écrit : > Bonjour, > > J'espère que ce que j'envoie en PJ sera suffisant pour reproduire le problème : > > -La base GdGMerluMSE[...] > > -La simulation as_Gdg[...] > > -3 règles (Captures[...] , Ogive[...], NonBay[...], dans cet ordre) > > -1 simulateur (DefaultSimulator[...]) à placer dans community/simulators > > -1 script (Export[...]) à placer dans community/scripts > > - un répertoire input à placer au même endroit que le .bat Je pense que dans tes règles tu touches aux proportionMetier et le simulateur n'a pas l'air d'aimer ta modification. Je n'ai pas encore analysé assez pour savoir si le bug est dans la simulateur ou dans la règle. En attendant, dans SiMatrix, tu peux remplacer la méthode public List<Metier> getMetiers(Strategy str, TimeStep step) { (ligne 179) par celle ci: public List<Metier> getMetiers(Strategy str, TimeStep step) { StrategyMonthInfo info = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()); List<Metier> resultTmp = info.getMetierWithProportion(); // FIXME temp code to fix lazy exception List<Metier> result = new ArrayList<>(resultTmp.size()); for (Metier metier : resultTmp) { result.add((Metier)db.findByTopiaId(metier.getTopiaId())); } return result; } -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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AS qui tourne pas
by Audric Vigier 26 Apr '19

26 Apr '19

Bonjour, Je tente de lancer une analyse de sensibilité via l'interface. Les simulations sont initialisées (il y en a 14 (1 trajectoire Morris pour 13 facteurs)) d'après les messages qui apparaissent dans la queue, mais elles ne tournent pas. Elles s'arrêtent toutes avant que le premier pas de temps ne se termine. Dans le debug (attaché), pour toutes, je retrouve le message "failed to lazily initialize a collection of role". Ce message renvoie à un simulateur en pièce jointe, mais qui n'a jamais posé de souci jusqu'ici. Que je configure ISIS pour utiliser simultanément, 1 seul, 4, ou tous les coeurs de mon PC, j'ai le même problème. Je préfère ne pas envoyer base+simu, lourdes et compliquées à configurer. Est-ce que ce problème a déjà été rencontré? Audric

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Modifier le code R d'une AS
by Audric Vigier 19 Apr '19

19 Apr '19

Bonjour, J'ai choisi l'option pour modifier le code R d'une AS, et au moment de lancer l'AS j'ai la fenêtre en PJ qui s'est ouverte, je ne peux pas modifier sa taille ni faire apparaître le champ pour modifier l'équation. Audric

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Re: [Isis-fish-users] Configurer ISIS pour R
by Eric Chatellier 09 Apr '19

09 Apr '19

Le 09/04/2019 à 10:28, Audric Vigier a écrit : > J'ai la même erreur > tu pourrais taper ça dans R : installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='rJava'),]['LibPath'] installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='sensitivity'),]['LibPath'] installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='lhs'),]['LibPath'] -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] Configurer ISIS pour R
by Audric Vigier 09 Apr '19

09 Apr '19

On 09/04/2019 09:13, Audric Vigier wrote: > > Salut, > > Je viens de ré-essayer en installant R 3.5.3, en lui installant rJava, > lhs et sensitivity. Les warning sont partis sous R (ils n'étaient pas > importants), mais j'ai toujours le même problème avec ISIS. > > Je viens aussi de tester si dans les faits, ISIS pour pourrait quand > même foncitonner avec R (appel depuis une règle); ça ne marche pas. > J'ai évalué une règle avec cette fonction: > > static public void main (String...args) throws Exception { > > //System.out.println(System.getProperty("java.home")); > > double paramHake=10; > > // Open R session > REngine engine = new RProxy(); // R session > > // Call an R script writing a new transition matrix for > hake (only ONE matrix for hake) > engine.voidEval("NewCV<-"+Double.toString(paramHake)+"") ; > engine.voidEval("source(\"C:/Users/3053464/these/isis-fish-4.4.2.2/input/updateHakeTransitionMatrix.R\")"); > > } > > (Pour le script R, un fichier avec juste la commande > library(rootSolve) fera l'affaire) > > J'obtiens en retour ce message d'erreur dans la console : > > java.lang.reflect.InvocationTargetException > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) > at > fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptHandler.evaluateScript(ScriptHandler.java:836) > at > fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.doActionPerformed__on__buttonScriptEval(ScriptUI.java:398) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) > at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) > at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) > at > javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) > at java.awt.AWTEventMulticaster.mouseReleased(Unknown Source) > at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) > at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) > at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) > at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) > at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) > Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in library(rootSolve) : > there is no package called 'rootSolve' > > at org.nuiton.j2r.jni.RJniEngine.voidEval(RJniEngine.java:408) > at org.nuiton.j2r.RProxy.voidEval(RProxy.java:230) > at rules.ChangeTransitionMatrix.main(ChangeTransitionMatrix.java:276) > ... 49 more > > > En gros la librairie rootSolve n'est pas trouvée, alors que je l'ai > installée. > > J'ai 2 répertoires pour les librairies R : > > > .libPaths() [1] "C:/Users/3053464/Documents/R/win-library/3.5" > "C:/Program Files/R/R-3.5.3/library" > > rJava, lhs, sensitivity et rootSolve sont installés dans le premier > uniquement, par défaut. Est-ce qu'ISIS aurait aussi besoin du nom du > premier? > > > On 09/04/2019 08:31, Eric Chatellier wrote: >> Salut, >> >> Je n'ai pas vraiment d'idée. >> >> Sauf peut être. >> >> Le 05/04/2019 à 19:58, Audric Vigier a écrit : >>> Warning message: package ‘sensitivity’ was built under R version 3.5.3 >> >> As tu plusieurs R sur la machine ? >> >> Sinon, peut être en supprimant et en réinstallant le package ? >>

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Configurer ISIS pour R
by Audric Vigier 09 Apr '19

09 Apr '19

Bonjour, Je suis entrain de configurer ISIS pour pouvoir appeler R depuis ISIS, mais je ne retrouve pas la doc sur le site. J'ai donc peut-être oublié une étape importante. Pour le moment, j'ai créé la variable R_HOME et ai modifié Path dans les variables environnementales pour obtenir ce qu'il y a en PJ. J'ai installé la librarie rJava dans R 3.5.1. Je viens de faire la manip avec le .dll et de redémarrer mon PC (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/2017-January/003940.html ; http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/2016-November/003884.ht… ) Pourtant, quand je teste, ISIS me renvoie 2 messages d'erreur, indiquant qu'il manquerait les librairies lhs et sensitivity. Or, elles sont installées: R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray" Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > library(lhs) Warning message: package ‘lhs’ was built under R version 3.5.3 > library(sensitivity) Warning message: package ‘sensitivity’ was built under R version 3.5.3 Après ces 2 messages, le test ne se fait pas. Que faire? J'ai laissé le début du debug en fin de message. Audric 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:136) main - Starting Isis-Fish 4.4.2.2 with args : [] 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:137) main - Date: 05/04/19 18:46 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:138) main - Java version: 1.8.0_181-b13, Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:139) main - Plaform/arch: Windows 10/amd64 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:140) main - R_HOME: C:\Program Files\R\R-3.5.1 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:141) main - PATH: C:\Program Files (x86)\Common Files\Oracle\Java\javapath;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Windows\System32\OpenSSH\;C:\Program Files (x86)\ATI Technologies\ATI.ACE\Core-Static;C:\Program Files\Git\cmd;C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\x64;C:\Users\3053464\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps;C:\Users\3053464\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\;C:\cygwin64\bin;C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin; 2019-04-05 18:46:36,991 INFO [main] (RUtil.java:151) setJavaLibraryPath - Adding 'C:\Users\3053464\Documents\R\win-library\3.5\rJava\jri\x64' to java.library.path 2019-04-05 18:46:37,226 INFO [main] (IsisFish.java:354) initVCS - Check state of local repository: C:\Users\3053464\isis-fish-4\isis-database 2019-04-05 18:46:37,226 INFO [main] (VCSSVN.java:144) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data 2019-04-05 18:46:38,335 INFO [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data

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ISIS-Fish Manche Est
by Baptiste ALGLAVE 09 Apr '19

09 Apr '19

Bonjour, je suis nouveau sur ISIS et j'ai des difficultés à faire tourner des simulations sur mon ordinateur personnel. Le logiciel renvoie notamment le message d'erreur suivant : "2019-04-05 14:45:14,886 ERROR [AWT-EventQueue-0] (IsisMapBean.java:639) initMap - Can't init map". Je joins au mail le debug de la simulation. Est-ce que quelqu'un aurait une idée pour résoudre le problème ? Baptiste.

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Analyse de sensibilité : modifier en pré-simulation; groupes de facteurs; coefficients
by Audric Vigier 05 Apr '19

05 Apr '19

Bonjour, Je suis entrain de préparer une analyse de sensibilité Morris avec l'interface d'ISIS; ce que je fais avec la doc sous les yeux. Mais subsistent quelques questions: - Lorsque j'utilise la distribution "QUnif %" , et que je veux un range de variations de 20%, je mets quelle valeur pour "coefficient" : 20, 0.2 ou 1.2 ? -J'ai défini des groupes de facteurs (par exemple, 1 facteur par stratégie, alors que conceptuellement il ne s'agit que d'un seul facteur). Est-ce que tous les facteurs d'un même groupe varient de manière identique, comme s'il ne s'agissait que d'un seul? -J'ai une variation compliquée à décrire: je souhaite faire varier le CV des matrices de transition pour 2 espèces. Pour y parvenir, je souhaite calculer la matrice avec un couplage RJava et ré-actualiser les matrices, le tout en pré-simulation. Cependant, je ne trouve pas comment faire une AS sur des éléments en pré-simu. Est-ce que c'est implémenté? Sinon, je magouillerai avec une règle de gestion active uniquement au pas de temps de 0, dans sa pré-action. Bonne soirée, Audric

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