April 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Isis-Fish 3.3.0.3 est disponible
by Eric Chatellier 26 Apr '10

26 Apr '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Corrections : * un problème avec l'assistant de création de groupes (non prise en compte de l'age de départ) Améliorations : * ajout de la possibilité de modifier les options qsub (caparmor) Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier 21 Apr '10

21 Apr '10

Le 20/04/2010 07:34, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > Bonjour, > Donc pour que la simulation tourne bien, nous lançons à la main le script > "toto.pbs" suivant: > > Comme tu peux le voir il y a la commande "qsub -q qLong toto.pbs" > Qui est peut être le soucis, car le pbs du cluster est paramétré de telle > façon qu'il faut obligatoirement spécifier la classe du job; ce que ne fait > peut être pas ISIS...? > Ce n'est pas fait actuellement, mais si vous me confirmer que c'est obligatoire, je vais faire une évolution dans Isis. Pouvez vous vérifier également que la queue (-q) peut être configurée dans le script toto.pbs Par exemple, une option de la forme: #PBS -q xyz > Autre point il y a peut être un soucis avec Java... Est-il nécessaire > d'installer Java sur tous les nœuds du cluster? En fait, le JRE est installé > sur home/bpreuss qui est partagé par nfs par l'ensemble des machines du > cluster, qui elle n'ont pas Java. > Non, isis utilisera le Java dans /home/bpreuss (un seul donc) > A l'exécution de Java à travers pbs (grâce au toto.pbs envoyé à la main), le > job apparait dans qstat, mais s'arrête tout de suite avec une erreur: > " /var/spool/pbs/mom_priv/jobs/42244.editr.SC: > /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: > No such file or directory" > Qui se trouve dans le fichier: > simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-20-15-25-output.txt > Donc Java ne semble pas reconnu par le cluster... > En fait, le probleme vient d'un Java 32bits tournant sur un système 64bits. Je vois donc 2 options pour résoudre ce problème. Il faudrait que l'administrateur installe les packages manquants 32bits sur les noeuds du cluster. (à ce que j'en connais, c'est une couche de compatibilité pour exécuter des applications 32bits) A priori, le fichier ld-linux.so.2 est fournit pas le packages glibc (nommé libc6-i386 ou différent suivant la distribution utilisée) http://packages.debian.org/search?searchon=contents&keywords=ld-linux.so.2&… Sinon, l'autre solution est d'utiliser une version 64bits de Java. Ça marchera directement, par contre, les simulations dureront plus longtemps en 64bits (fois deux quasiment). Bon courage. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Premières classes d'age : abondance initiale, paramètres et équation de reproduction.
by Benoit Archambault 21 Apr '10

21 Apr '10

Bonjour tout le monde, pour certain stocks je dispose de donnees d'abondances et d'estimation de paramètres seulement pour les classes les plus âgées : - du style abondance et mortalités naturelles des âges 3-15 pour la morue - 4-20 pour la plie.. etc J'imagine que cette situation est assez fréquente. Comment procèderiez vous alors pour avoir des abondances initiales des petites classes d'age pour les simulations ? J'imagine qu'on peut : - Retrocalculer les abondances passées et repartir de quelques annees en arriere. Du style N(age2) = N(age3)*exp(M) etc jusqu'à avoir une classe d'age 1 estimée, en faisant une hypothèse sur le M. Il y a peut être une meilleure solution ? En ce qui concerne la fonction de reproduction j'ai essayé d'ajuster des relation S/R me prédisant un nombre de recrues d'age 3 par exemple, donc pour avoir une estimation du nombre d'age 0 je dois faire un truc du style Recrutement(age3) * exp(M)^3 . C'est comme ca qu'on procède généralement ou je fais fausse route ? Un autre souci est que pour certains stocks, la relation S/R n'est pas évidente, voire fantaisiste ( paramètres non significatifs lors de l'ajustement avec la procédure nls sous R). Je n'ai pas d'info non plus sur la fécondité. Que faire dans ce cas, utiliser un recrutement moyen avec un certain aléa ? Ceci est-il possible ? Ou faire des hypothèses d'absence de de relation S/R jusqu'à un niveau limite ? J'espère m'être fait comprendre :) Merci Benoit ps : accents manquants ici et la clavier qwerty oblige

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premier age d une pop structuree en age
by Sigrid LEHUTA 21 Apr '10

21 Apr '10

Hello, je voulais vérifier qu on pouvait faire commencer les classes d age d une pop n importe ou, j ai donc recreer les groupes d une pop en age en mettant comme premier age 5 et dernier 10. Mais isis me cree 11 classes de 0 a 10. C'est normal ? voulu ? Au passage, la fenetre de saisie des groupes d age est en 2 étapes, mais les deux etapes sont identiques. Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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CR utilisation de caparmor 20/04/10
by Sigrid LEHUTA 21 Apr '10

21 Apr '10

hello, message plutot pour les lutins... à la fois compte rendu et appel a l aide ;-) j ai lancé cette nuit 996 simu sur caparmor et j'ai rencontré quelques soucis : - Déjà y en a 988 qui ont tourné c est deja cool ! mais : - tout n a pas tourné d un coup j ai relancé à plusieurs reprises (je n ai pas verifié s il s agissait des fameux crashs jvtruc ...) - des simus ont tourné (progression marque "dec 9" la fin quoi et état "simu terminée") mais qui ne descendent pas, les resultats n'ont pas été téléchargés (n°609, 754, 816, 856, 872). Pour celles ci j'ai recupere les ...-result.zip à la main dans isis-tmp. - des simus ne se lancent pas et restent en haut ( janvier 0 reste indiqué dans la barre de progression et ca marque Suppression des fichiers de simulation dans la colonne d etat ) simus n°917, 58 et 608 (j ai copié le output.txt en bas du message) Du coup je ne peux pas les relancer... comment faire ? Merci d'avance ! Sigrid output : INFO [main] (IsisFish.java:314) init - Starting Isis-Fish with args : [--option , launch.ui, false, --option, perform.vcsupdate, false, --option, perform.migrat ion, false, --option, perform.cron, false, --simulateRemotelly, sim_PlanFactCorr eles_2010-04-19-18-49_917, /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_PlanF actCorreles_2010-04-19-18-49_917-preparation.zip, /home1/caparmor/slehuta/isis-t mp/simulation-sim_PlanFactCorreles_2010-04-19-18-49_917-result.zip] INFO [main] (IsisFish.java:319) init - 20/04/10 11:00 Java version: 1.6.0_18-b0 7 Isis-fish version: 3.3.0.0 INFO [main] (URLConverter.java:68) <init> - org.nuiton.util.URLConverter@1d85f7 9 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.URLConverter@1d85f79 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.URIConverter@10e3293 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.VersionConverter@19b5393 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.LocaleConverter@27e353 INFO [main] (ApplicationConfig.java:1028) parse - Chargement du fichier de conf ig: /home1/caparmor/slehuta/.isis-config-3 INFO [main] (IsisConfig.java:886) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:907) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.prope rties in 9 urls in 228,29ms INFO [main] (I18nLoader.java:162) init - 9 bundle(s) found, [18 file(s)] in 24, 175ms INFO [main] (I18nLoader.java:233) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStenc es:1321>, nbEntries: 9, nbSentences: 1321 in 63,034ms INFO [main] (IsisFish.java:142) main - after init done in 0.533. INFO [main] (SimulationAction.java:203) simulateRemotellyWithPreScript - Comman d line action : simulateRemotelly INFO [main] (SimulationAction.java:204) simulateRemotellyWithPreScript - simul ation id : sim_PlanFactCorreles_2010-04-19-18-49_917 INFO [main] (SimulationAction.java:205) simulateRemotellyWithPreScript - simul ation zip : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_PlanFactCorreles_201 0-04-19-18-49_917-preparation.zip INFO [main] (SimulationAction.java:206) simulateRemotellyWithPreScript - resul t archive : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_PlanFactCorreles_201 0-04-19-18-49_917-result.zip INFO [main] (SimulationAction.java:207) simulateRemotellyWithPreScript - presc ript file : null INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 8 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 1 thread for dans le même processus INFO [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:95) simulate - simulate sim_PlanFa ctCorreles_2010-04-19-18-49_917 with file /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simul ation-sim_PlanFactCorreles_2010-04-19-18-49_917-preparation.zip INFO [main] (SimulationStorage.java:667) importAndRenameZip - Import simulation file /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_PlanFactCorreles_2010-04-1 9-18-49_917-preparation.zip in directory /home1/caparmor/slehuta/isis-database-3 /simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_PlanFactCorreles_2010-04-19-18-49 _917/$1 ERROR [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:142) simulate - Can't do simulatio n sim_PlanFactCorreles_2010-04-19-18-49_917 java.io.FileNotFoundException: /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_P lanFactCorreles_2010-04-19-18-49_917-preparation.zip (No such file or directory) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:106) at org.nuiton.util.ZipUtil.uncompressAndRename(ZipUtil.java:108) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(Si mulationStorage.java:670) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(Si mulationStorage.java:633) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.sim ulate(InProcessSimulatorLauncher.java:116) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotellyWithPre Script(SimulationAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotelly(Simula tionAction.java:178) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl. java:39) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAcces sorImpl.java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at org.nuiton.util.ObjectUtil.call(ObjectUtil.java:171) at org.nuiton.util.ApplicationConfig$Action.doAction(ApplicationConfig.j ava:365) at org.nuiton.util.ApplicationConfig.doAction(ApplicationConfig.java:522 ) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) INFO [main] (SimulationAction.java:237) simulateRemotellyWithPreScript - Compre ssing simulation as zip : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_PlanFa ctCorreles_2010-04-19-18-49_917-result.zip ERROR [main] (IsisFish.java:158) main - Global IsisFish exception java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl. java:39) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAcces sorImpl.java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at org.nuiton.util.ObjectUtil.call(ObjectUtil.java:171) at org.nuiton.util.ApplicationConfig$Action.doAction(ApplicationConfig.j ava:365) at org.nuiton.util.ApplicationConfig.doAction(ApplicationConfig.java:522 ) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotellyWithPre Script(SimulationAction.java:243) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotelly(Simula tionAction.java:178) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Quelques commandes utiles pour les simus sur caparmor
by Sigrid LEHUTA 20 Apr '10

20 Apr '10

J'ai crée cette page qui récapitule les types de fichiers de simulation et commandes à utiliser sous caparmor au cas ou tout ne se ferait pas automatiquement. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Est ce que quelqu'un veut bien s'assurer qu'il n'y a pas de bêtise, voire compléter ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier 20 Apr '10

20 Apr '10

Le 19/04/2010 09:13, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > Bonjour, > Une question pour Eric je pense ! > > Je peux maintenant faire tourner isis sur le cluster (à noter que isis > est bcp plus fluide sur mon poste windows, que sur la machine d’entrée > du cluster sous Linux). > > Mais il y a un petit soucis : > > En fait, on ouvre isis sur la machine d’entrée du cluster puis on > envoie la simu à distance sur le cluster comme si c’était CAPARMOR, en > modifiant la configuration. Après avoir appuyer sur « simuler » la > fenêtre de progression s’ouvre, mais là la simu reste toujours sur « > préparation du démarrage ». Pour que la simu se lance réellement il > faut lancer en ligne de commande un fichier créé par isis… La simu > semble alors se dérouler correctement. > > Mais ce qui est bizarre, c’est que l’on ne voit nulle part le Job sur > le cluster, en fait il semble que isis ne passe pas par pbs qui gère > les jobs du cluster. Isis créé un fichier .csh, mais ne semble pas le > communiquer à pbs… > > Cela viendrait-il d’un problème dans les paramètres de configuration > de la liaison avec le cluster (la connexion marche bien quand on fait > le test)? > > Ou autre chose ? > C'est déjà pas mal. Je me doutais que cela ne fonctionnerais pas du premier coup et qu'il y aurait une phase de tâtonnement pour trouver la bonne configuration. Voici ce que fait Isis (dans le cas d'une seule simulation) : /usr/pbs/bin/qsub -m n /home/<user>/isis-tmp/simulation-xyz-script.seq|tee /home/user/isis-tmp/simulation-xyz-pbs.id où : /home/<user>/isis-tmp est le dossier temporaire où isis met toutes les données xyz est l'identifiant de la simulation simulation-xyz-script.seq est le script pour psb simulation-xyz-pbs.id est un fichier où est ecrit le numéro du job PSB Donc: l'executable /usr/pbs/bin/qsub doit exister (l'emplacement se configure dans Isis) Ensuite, la commande totale ne devrait renvoyer aucune erreur. Sinon, comment lancez vous le job à la main ? PS: tu peut téléphoner un matin si tu veux, ca sera moins long -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Simulation sur Cluster
by Bastien Preuss 19 Apr '10

19 Apr '10

Bonjour, Une question pour Eric je pense ! Je peux maintenant faire tourner isis sur le cluster (à noter que isis est bcp plus fluide sur mon poste windows, que sur la machine dentrée du cluster sous Linux). Mais il y a un petit soucis : En fait, on ouvre isis sur la machine dentrée du cluster puis on envoie la simu à distance sur le cluster comme si cétait CAPARMOR, en modifiant la configuration. Après avoir appuyer sur « simuler » la fenêtre de progression souvre, mais là la simu reste toujours sur « préparation du démarrage ». Pour que la simu se lance réellement il faut lancer en ligne de commande un fichier créé par isis La simu semble alors se dérouler correctement. Mais ce qui est bizarre, cest que lon ne voit nulle part le Job sur le cluster, en fait il semble que isis ne passe pas par pbs qui gère les jobs du cluster. Isis créé un fichier .csh, mais ne semble pas le communiquer à pbs Cela viendrait-il dun problème dans les paramètres de configuration de la liaison avec le cluster (la connexion marche bien quand on fait le test)? Ou autre chose ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Changement du nombre de groupes impossible
by Jessica Andre 16 Apr '10

16 Apr '10

Bonjour, Une question pour Eric (je crois). J'essaye de créer ma propre simulation. Cependant, quand je rentre les caractéristiques de ma population, je ne peux pas entrer dans l'onglet « saisi des populations » le nombre de groupes. Il n'y a pas de message d'erreur, je ne peux simplement pas changer le chiffre dans la boite (il reste sur 0, pas très pratique pour les simulations...). Je suis allée dans les exemples comme le Golfe de Gascogne et même topo, je ne peux pas changer le nombre de groupes. J'ai redémarré ISIS (et même l'ordinateur au cas où...) mais ce problème persiste. Une suggestion ?! Merci d'avance Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania ': (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Private Bag 49, Hobart, TAS 7001 6: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Australia *: Jessica.Andre(a)utas.edu.au * http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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Re: [Isis-fish-users] ouverture Région
by Eric Chatellier 15 Apr '10

15 Apr '10

Le 15/04/2010 01:06, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour, > > Je suis sur ma machine Windows, avec un accès distant vers un poste Linux du > cluster. > > J'ai supprimer la DemoRegion, Isis a demander de la télécharger au démarage, > puis quand je la charge, j'obtiens la fenêtre d'erreur suivante : > Effectivement, j'ai testé également et la suppression de la région seule n'a pas d'effet. Je pense que tu n'as pas touché à la isis-database-3, tu peux essayer en la supprimant totalement (il va recuperer une nouvelle base et initialiser correctement DemoRegion). Sinon, avec en important une autre région, tu ne devrais pas rencontrer ce probleme. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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