January 2015 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

version de java
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 18 Mar '15

18 Mar '15

Bonjour ISIS peut-il tourner avec la version 1.8 de java? merci stephanie

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temps de simu local VS caparmor
by Loic GASCHE 30 Jan '15

30 Jan '15

Bonjour, J'ai lancé mon AS de test en local (sur le serveur) et sur caparmor. En local pour 12 ans de simu cela a pris environ 12 minutes. Sur caparmor en 1 heure de simu j'en suis au milieu de la quatrième année... Et mon AS contient seulement 6 simus (et on avait observé que le temps de simu par simu augmentait avec le nombre de simus). Une idée de la cause de problème ? Je peux vous envoyer des éléments pour vous aider à chercher (même si l'AS tourne encore) ? Loïc

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debug du probleme a l agro
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 29 Jan '15

29 Jan '15

voici le debug de notre erreur de lancement de simu ici on a java 8.25 les etudiants ont java 8 .31 aucun des 2 ne marche... on pense que ca vient de ca mais voyez vousd le pb ? merci ! ----- Message transféré de guitton(a)agrocampus-ouest.fr ----- Date : Thu, 29 Jan 2015 18:04:39 +0100 De : guitton(a)agrocampus-ouest.fr Objet : debug À : Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Le debug qui mache pas ----- Fin du message transféré ----- -- Sigrid Lehuta Post doctoral research associate Ifremer Boulogne sur mer contact : slehuta(a)ifremer.fr Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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structure des RData et .csv d'exports de résultats d'AS ?
by Loic GASCHE 29 Jan '15

29 Jan '15

Bonjour, Grâce aux modifs indiquées par Eric j'ai réussi à faire tourner une AS de test. Par contre je m'interroge sur certains des résultats que j'obtiens, qui ne me semblent pas cohérents (ex : des biomasses de benthos nulles en fin de simu pour certaines cellules alors que toutes les cellules contiennent du benthos). Ca m'a amené à m'interroger sur la structure des exports. En particulier, je m'interroge sur le contenu des fichiers .csv créés, et les conséquences que cela peut avoir sur le contenu du RData. En effet, pour chaque export on a deux .csv, un _Results et un _SensitivityIndices. Il semblerait que tous les _Results sont identiques (et contiennent tous les résultats de l'AS), alors qu'on s'attendrait à avoir un _Result propre à chaque export. De plus les _SensitivityIndices contiennent parfois des résultats (pas forcément très clairs), parfois de 0 ou des NA. Cette structure est-elle normale ? Si non, est-ce un problème ISIS ou une erreur dans le codage des scripts d'export (sachant que cette structure bizarre apparait même pour les exports "historiques" de la database, et que jusqu'ici mes tests d'exports par zone semblaient corrects). Loïc

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NullPointerException
by Loic GASCHE 28 Jan '15

28 Jan '15

Bonjour, J'ai installé la version 4.3.1.2 d'ISIS sur le serveur et relancé mon AS. Ce coup-ci j'ai un plantage en décembre 0 et le message d'erreur est : ERROR|15:23:33,275|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody98(SiMatrix.java:1921) at scripts.SiMatrix$AjcClosure99.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1895) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:501) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) A la ligne 1921 j'ai : catchPerStrategy = catchPerStrategyTemp.clone(); et catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); La matrice MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP fait partie des matrices de résultats que je demande en sortie, donc il ne devrait pas y avoir de problème pour calculer la mortalité par pêche par groupe. Une idée ? Loïc

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pb au lancement d'une AS avec LHS
by Stephanie MAHEVAS 28 Jan '15

28 Jan '15

je joins le debug.txt. Les symptomes : ISIS plante au premier pas de temps de chaque simu de l'AS Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] IsisFish 4.3.1.2 released
by Eric Chatellier 28 Jan '15

28 Jan '15

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6567. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.2-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2802 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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CR reunion annuelle 2014 des utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS 26 Jan '15

26 Jan '15

Bonjour ci-joint le compte-rendu de la réunion annuelle 2014 des utilisateurs ISIS-Fish. Merci de noter sur vos agendas les dates des prochaines journées 2015 à Nantes : 10-11 décembre 2015 Bonne lecture Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] IsisFish 4.3.1.1 released
by Eric Chatellier 26 Jan '15

26 Jan '15

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Dans les facteurs continues, les valeurs de références négatives ne peuvent pas fonctionner Issue: 6525. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6531. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2791 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Impossible de compiler le Script ?
by Loic GASCHE 26 Jan '15

26 Jan '15

Bonjour, Je tente de lancer une AS, avec un grand nombre de paramètres à tester et beaucoup d'exports (les habituels + des exports par zone) mais peu de simus pour le moment car c'est un test. Les simus s'arrêtent en Janvier 0 et dans le log de simu j'ai ça : ERROR|09:33:53,618|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Can't evaluate simulation prescript at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationPreScriptListener.beforeSimulation(SimulationPreScriptListener.java:90) at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext.fireBeforeSimulation(SimulationContext.java:272) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:435) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : /export/home1/isis-data/loic/isis-build/as_7DV11_ISIS4311_ttesPop_ttesRegles_exportsZone_2015-01-22-09-33_5/fr.ifremer.isisfish.simulator/SimulationPreScriptGeneratedPreScript.java at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:265) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:227) at fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationPreScriptListener.beforeSimulation(SimulationPreScriptListener.java:78) ... 3 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : -1 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:262) ... 5 more Cette AS est basée sur une simu qui tournait sans problème, et cela tournait également quand l'AS était plus simple (moins d'exports et de paramètres à tester). Une idée de la cause du problème ? Loïc

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