February 2024 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

erreur lancement ISIS sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS 14 Feb '24

14 Feb '24

Salut Eric j'ai un message que je ne comprends quand je lance un job sur datarmor avec le fichier pbs ci-joint -bash: /var/spool/PBS/mom_priv/jobs/8472498.datarmor0.SC: /bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory le meme lancement ne pose pas de pb quand Antoine le lance as-tu une idee ? Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD 12 Feb '24

12 Feb '24

Bonjour Eric, tu trouveras ci-joint les bases que j'essaye de merger, ainsi que mon script. Merci beaucoup pour ton aide! Bonne journée. Cordialement, Louis Maillard.

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check script zone
by Sigrid LEHUTA 09 Feb '24

09 Feb '24

Bonjour Eric, j'ai écrit ce script pour agrandir une zone existante en prenant des cellules dans un shapefile. Il est possible que certaines cellules du shape appartiennent deja a la zone existante, cela pose t'il un probleme? j ai mis plusieurs options de code a la fin, peux tu regarder ce qui est suceptible de marcher ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD 09 Feb '24

09 Feb '24

Bonjour Eric, je suis actuellement en train d'importer à la main une région en format Json dans une autre région. Au moment d'importer des stratégies j'ai selectionné "créer" car les stratégies ne sont pas présentes dans la première région, mais l'import s'arrête et me donne les détails ci dessous. As tu une idée de ce qui n'a pas fonctionné ? Merci d'avance pour ton aide! Bonne journée. Louis Maillard. java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2314) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:407) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.doClick(AbstractButton.java:374) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(BasicMenuItemUI.java:1029) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(BasicMenuItemUI.java:1073) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6621) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3398) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6386) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4996) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:775) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:720) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:714) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:98) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:747) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:745) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:744) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:118) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 38 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:533) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuImportJson(InputUI.java:267) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 40 more Caused by: java.lang.RuntimeException: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:146) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:513) ... 42 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:198) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.ask(RegionImportJson.java:245) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.loadEntity(RegionImportJson.java:176) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:138) ... 43 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't set property 'inactivityEquationUsed' from json value: 'true' at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:318) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept0(StrategyAbstract.java:73) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept(StrategyAbstract.java:65) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:196) ... 46 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:115) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.invokeMethod(PropertyUtilsBean.java:2128) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setSimpleProperty(PropertyUtilsBean.java:2109) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setNestedProperty(PropertyUtilsBean.java:1915) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setProperty(PropertyUtilsBean.java:2022) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtilsBean.setProperty(BeanUtilsBean.java:1018) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtils.setProperty(BeanUtils.java:454) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:316) ... 49 more Caused by: java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImplementor.getDAO(java.lang.Class, java.lang.Class)" because "ci" is null at fr.ifremer.isisfish.IsisFishDAOHelper.getStrategyMonthInfoDAO(IsisFishDAOHelper.java:349) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.getStrategyMonthInfo(StrategyImpl.java:120) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.computeNumberOfTrips(StrategyImpl.java:192) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.setInactivityEquationUsed(StrategyImpl.java:188) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 57 more

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Problème datarmor
by aricouar 06 Feb '24

06 Feb '24

Bonjour Eric, J'ai voulu relancer aujourd'hui un job sur datarmor via un qsub. Ce job avait déjà tourné quasiment à l'identique et sans problème il y a quelques semaines. J'obtiens maintenant cette erreur dans le debug ISIS de chaque simulation : "sh: /home3/datahome/echatell/jdk17/bin/java: Permission denied" Apparemment, il n'arrive pas à accéder à java sur ton repertoire dans datarmor. Peux-tu m'expliquer pourquoi ? Ci-joint le script .pbs impliqué. Merci. Antoine

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JDK 21 et java 17
by Stephanie MAHEVAS 05 Feb '24

05 Feb '24

hello les lutins JDK 21 et java 17 sont ok pour les dernières versions d'ISIS ? merci a+ Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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